[日本語] English
万見
- PDB-1qrp: Human pepsin 3A in complex with a phosphonate inhibitor IVA-VAL-V... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qrp
タイトルHuman pepsin 3A in complex with a phosphonate inhibitor IVA-VAL-VAL-LEU(P)-(O)PHE-ALA-ALA-OME
要素PEPSIN 3A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ASPARTIC PROTEINASE / PHOSPHONATE INHIBITOR / TRANSITION STATE ANALOGUE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body lumen / pepsin A / Surfactant metabolism / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IVA VAL VAL P0L ALA MA / Chem-HH0 / Pepsin A-5 / Pepsin A-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Fujinaga, M. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structural study of the complex between human pepsin and a phosphorus-containing peptidic -transition-state analog.
著者: Fujinaga, M. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / Bartlett, P.A. / Hanson, J.E. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin
著者: Fujinaga, M. / Chernaia, M.M. / Tarasova, N.I. / Mosimann, S.C. / James, M.N.G.
履歴
登録1999年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: PEPSIN 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3862
ポリマ－34,6321
非ポリマー7541
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.900, 151.270, 40.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 PEPSIN 3A


分子量: 34631.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00790, UniProt: P0DJD7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HH0 / methyl N-[(2S)-2-({(S)-hydroxy[(1R)-3-methyl-1-{[N-(3-methylbutanoyl)-L-valyl-L-valyl]amino}butyl]phosphoryl}oxy)-3-phenylpropanoyl]-L-alanyl-L-alaninate / IVA-VAL-VAL-LEU(P)-(O)PHE-ALA-ALA-OME / N-[(S)-2-[[(R)-1-[(イソバレリル-L-Val-L-Val-)アミノ]-3-メチルブチル]ホスホニルオ(以下略)


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 753.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H60N5O10P / 参照: IVA VAL VAL P0L ALA MA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 40% AMMONIUM SULFATE, 100MM SODIUM ACETATE, 5% MPD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlpepsin1dropin water
20.8 mMphosphonate-inhibitor1dropin ethanol
340 %satammonium sulfate1reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
55 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→65 Å / Num. all: 31990 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル解像度: 1.96→2 Å / % possible all: 64.2
反射
*PLUS
Num. obs: 31990 / Num. measured all: 188324
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SDMSデータ収集
SDMSデータ削減
XTALVIEW精密化
GROMOS87精密化
SDMSデータスケーリング
精密化解像度: 1.96→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: GROMOS87 FORCE FIELD /
Rfactor反射数%反射
all0.2 31976 -
obs0.2 31976 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 52 135 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: GROMOS87 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る