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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qk5 | ||||||
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タイトル | TOXOPLASMA GONDII HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH XMP, PYROPHOSPHATE AND TWO MG2+ IONS | ||||||
![]() | HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | ![]() xanthine phosphoribosyltransferase / xanthine phosphoribosyltransferase activity / XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage ...xanthine phosphoribosyltransferase / xanthine phosphoribosyltransferase activity / XMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase with Xmp, Pyrophosphate and Two Mg2+ Ions Bound: Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Davis, R.L. / Borhani, D.W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of the Toxoplasma Gondii Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Gmp and Imp Complexes: Comparison of Purine Binding Interactions with the Xmp Complex 著者: Heroux, A. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W. #2: ジャーナル: Gene / 年: 1994 タイトル: Isolation and Sequencing of a Cdna Encoding the Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Toxoplasma Gondii 著者: Vasanthakumar, G. / Van Ginkel, S. / Parish, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qk3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.951065, 0.000778, -0.308991), ベクター: 詳細 | THE BIOMOLECULE CONSISTS OF A HOMO- TETRAMERIC COMPLEXOF BIOPOLYMERSSUBUNITS C AND D OF THE HGPRT HOMOTETRAMER ARE GENERATEDBY ROTATION OF SUBUNITS A AND B ABOUT THECRYSTALLOGRAPHIC 2- FOLD AXIS PARALLEL TO B. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26661.492 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RH / プラスミド: PETC1-D150A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q26997, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS.CL (PH 8.5), 200 MM LI2SO4, 0.25 % BETA-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE. THE CRYSTAL WAS GROWN IN THE PRESENCE OF 1 MM XANTHINE, 1 MM PRPP AND 10 MM MGCL2 AT 277 K. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions PH range low: 6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON SCIENTIFIC INSTRUMENTS 2K CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: PT-COATED MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→13 Å / Num. obs: 58200 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 245248 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % / Rmerge(I) obs: 0.373 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QK3, SUBUNIT A, WITHOUT LOOPS, WATERS, OR GMP 解像度: 1.6→13 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11647 / ESU R Free: 0.11121 詳細: NO RESTRAINTS WERE IMPOSED ON THE ATOMS OF THE PYROPHOSPHATE GROUPS OR MAGNESIUM CATIONS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→13 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |