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万見
- PDB-1qj3: Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qj3
タイトルCrystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase in complex with 7-keto-8-aminopelargonic acid
要素7,8-DIAMINOPELARGONIC ACID SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / BIOTIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kaeck, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Diaminopelargonic Acid Synthase; Evolutionary Relationships between Pyridoxal-5'-Phosphate Dependent Enzymes
著者: Kack, H. / Sandmark, J. / Gibson, K.J. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
履歴
登録1999年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-DIAMINOPELARGONIC ACID SYNTHASE
B: 7,8-DIAMINOPELARGONIC ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5368
ポリマ－94,6212
非ポリマー9156
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 55.940, 120.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99995, 0.01019, 0.0007), (0.01019, 0.99051, 0.13706), (0.0007, 0.13706, -0.99056)
ベクター: -48.6763, -11.998, 177.85899)

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要素

#1: タンパク質 7,8-DIAMINOPELARGONIC ACID SYNTHASE


分子量: 47310.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: BIOA / プラスミド: PET24 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): BIOA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P12995, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-KAP / 7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID / (S)-7-オキソ-8-アミノノナン酸


分子量: 187.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS BOUND TO LYS 274 IN BOTH CHAINS
配列の詳細FROM THE ELECTRON DENSITY TRP14 IS REINTERPRETED AS LEUCINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 25% PEG-4000, 20% MPD, 100MM HEPES PH7.5, 5MM KAPA (7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID), 20 DEGREES C, MICROSEEDING., pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal volume of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
221 %PEG40001reservoirprecipitant
312 %2-propanol1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 21479 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 124908 / Rmerge(I) obs: 0.104
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.326

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DUE TO DISORDERED MAINCHAIN THE FOLLOWING RESIDUES WERE REMOVED FROM THE MODEL OF CHAIN A: SER 160, MET 161, HIS 162, SER 163, LEU 164, TRP 165, LYS 166, GLY 167, TYR 168, ASP 183, GLY 300, ...詳細: DUE TO DISORDERED MAINCHAIN THE FOLLOWING RESIDUES WERE REMOVED FROM THE MODEL OF CHAIN A: SER 160, MET 161, HIS 162, SER 163, LEU 164, TRP 165, LYS 166, GLY 167, TYR 168, ASP 183, GLY 300, ALA 301, GLN 429 DUE TO DISORDERED MAINCHAIN THE FOLLOWING RESIDUES WERE REMOVED FROM THE MODEL OF CHAIN B: SER 160, MET 161, HIS 162, SER 163, LEU 164, TRP 165, LYS 166, GLY 167, TYR 168, ASP 183, GLY 184, GLY 300, ALA 301, GLN 429
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 -5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-21479 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 58 94 6550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9773
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.2545
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.4066
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.138
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0174
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2620.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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