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- PDB-1qhf: YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE-3PG COMPLEX STRUCTURE TO 1.7 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhf
タイトルYEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE-3PG COMPLEX STRUCTURE TO 1.7 A
要素PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE (PHOSPHORYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / gluconeogenesis / glycolytic process / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / Phosphoglycerate mutase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Crowhurst, G. / Littlechild, J. / Watson, H.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure of a phosphoglycerate mutase:3-phosphoglyceric acid complex at 1.7 A.
著者: Crowhurst, G.S. / Dalby, A.R. / Isupov, M.N. / Campbell, J.W. / Littlechild, J.A.
履歴
登録1999年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
B: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5348
ポリマ－53,7772
非ポリマー7566
水4,810267
1
A: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
B: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
B: PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,06716
ポリマ－107,5554
非ポリマー1,51312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.400, 85.900, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHOSPHOGLYCERATE MUTASE)


分子量: 26888.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00950, EC: 5.4.2.1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化pH: 6.8
詳細: 55% AMMONIUM SULFATE IN 10MM IMIDAZOLE BUFFER PH 6.8 WITH 1MM 3PG AND CONCENTRATION OF 10 MG ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
255 %ammonium sulfate1reservoir
310 mMimidazole1reservoir
41 mM3PG substrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.889
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22 Å / Num. obs: 42944 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.088
反射 シェル解像度: 1.7→2.3 Å / % possible all: 77.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 3PGM

3pgm


解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 -5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs-42944 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3798 0 42 267 4107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.84
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.56
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.78
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.710
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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