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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qff | |||||||||
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タイトル | E. COLI FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR (FHUA) IN COMPLEX WITH BOUND FERRICHROME-IRON | |||||||||
![]() | FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR | |||||||||
![]() | METAL TRANSPORT / TONB-DEPENDENT RECEPTOR / INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN / SIDEROPHORE-IRON RECEPTOR / ACTIVE TRANSPORT / LIPOPOLYSACCHARIDE / FERRICHROME RECEPTOR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A conserved structural motif for lipopolysaccharide recognition by procaryotic and eucaryotic proteins. 著者: Ferguson, A.D. / Welte, W. / Hofmann, E. / Lindner, B. / Holst, O. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. #1: ![]() タイトル: Siderophore-mediated iron transport: crystal structure of FhuA with bound lipopolysaccharide. 著者: Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: An internal affinity-tag for purification and crystallization of the siderophore receptor FhuA, integral outer membrane protein from Escherichia coli K-12. 著者: Ferguson, A.D. / Breed, J. / Diederichs, K. / Welte, W. / Coulton, J.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 665.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 695 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 80520.062 Da / 分子数: 1 変異: SER-SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-GLY-SER-SER AFFINITY TAG 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH LIPOPOLYSACCHARIDE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-L-glycero- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 9種, 165分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FTT.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/EAP.gif)
![](data/chem/img/FCI.gif)
![](data/chem/img/DDQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FTT.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
![](data/chem/img/MYR.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/EAP.gif)
![](data/chem/img/FCI.gif)
![](data/chem/img/DDQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FTT / #5: 化合物 | ChemComp-DAO / | #6: 化合物 | ChemComp-MYR / | #7: 化合物 | ChemComp-DPO / | #8: 化合物 | ChemComp-EAP / | #9: 化合物 | ChemComp-FCI / | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→46.94 Å / Num. obs: 39663 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rsym value: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.406 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.82 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 64.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.379 / % reflection Rfree: 2.3 % / Rfactor Rwork: 0.319 |