+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p6e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE D55N MUTANT OF PHOSPHOLIPASE C FROM BACILLUS CEREUS IN COMPLEX WITH 1,2-DI-N-PENTANOYL-SN-GLYCERO-3-DITHIOPHOSPHOCHOLINE | ||||||
![]() | Phospholipase C | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEIN-PHOSPHOLIPID ANALOGUE COMPLEX / TRI ZN+2 METAL CORE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Antikainen, N.M. / Monzingo, A.F. / Franklin, C.L. / Robertus, J.D. / Martin, S.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Using X-ray crystallography of the Asp55Asn mutant of the phosphatidylcholine-preferring phospholipase C from Bacillus cereus to support the mechanistic role of Asp55 as the general base. 著者: Antikainen, N.M. / Monzingo, A.F. / Franklin, C.L. / Robertus, J.D. / Martin, S.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 759.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28422.436 Da / 分子数: 1 / 変異: D55N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PC5 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: AMMOUNIUM SULPHATE, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSING MIRRORS (NI&PT) + NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13590 / Num. obs: 13590 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 4.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1AH7 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |