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Yorodumi- PDB-5t38: Crystal Structure of the N-terminal domain of EvdMO1 with SAH bound -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t38 | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the N-terminal domain of EvdMO1 with SAH bound | ||||||||||||||||||
Components | EvdMO1 | ||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / methyltransferase / Rossmann-like fold / SAM-dependent | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information phytanoyl-CoA dioxygenase activity / methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Micromonospora carbonacea (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.1502 Å | ||||||||||||||||||
Model details | Residues 1-233 | ||||||||||||||||||
Authors | McCulloch, K.M. / Berndt, S. / Yamakawa, I. / Chen, Q. / Loukachevitch, L.V. / Starbird, C. / Perry, N.A. / Iverson, T.M. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018 Title: The Structure of the Bifunctional Everninomicin Biosynthetic Enzyme EvdMO1 Suggests Independent Activity of the Fused Methyltransferase-Oxidase Domains. Authors: Starbird, C.A. / Perry, N.A. / Chen, Q. / Berndt, S. / Yamakawa, I. / Loukachevitch, L.V. / Limbrick, E.M. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M. / McCulloch, K.M. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5t38.cif.gz | 160.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5t38.ent.gz | 126.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5t38.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5t38_validation.pdf.gz | 724.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5t38_full_validation.pdf.gz | 724.8 KB | Display | |
Data in XML | 5t38_validation.xml.gz | 14.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5t38_validation.cif.gz | 21.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/5t38 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5t39C 6ec3C 3mggS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/355 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28331.744 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: methyltransferase domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Micromonospora carbonacea (bacteria) / Gene: evdMO1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1C5AE13*PLUS |
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#2: Chemical | ChemComp-SAH / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.98 % / Mosaicity: 0.247 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 / Details: 40% Tacsimate, pH 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→50 Å / Num. obs: 79855 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/av σ(I): 20.222 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3MGG Resolution: 1.1502→32.002 Å / SU ML: 0.08 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 16.51
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.55 Å2 / Biso mean: 17.7878 Å2 / Biso min: 6.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.1502→32.002 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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