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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p6d | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE D55N MUTANT OF PHOSPHOLIPASE C FROM BACILLUS CEREUS IN COMPLEX WITH (3S)-3,4,DI-N-HEXANOYLOXYBUTYL-1-PHOSPHOCHOLINE | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TRI ZN2+ METAL CORE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Antikainen, N.M. / Monzingo, A.F. / Franklin, C.L. / Robertus, J.D. / Martin, S.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2003 タイトル: Using X-ray crystallography of the Asp55Asn mutant of the phosphatidylcholine-preferring phospholipase C from Bacillus cereus to support the mechanistic role of Asp55 as the general base. 著者: Antikainen, N.M. / Monzingo, A.F. / Franklin, C.L. / Robertus, J.D. / Martin, S.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p6d.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p6d.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p6d_validation.pdf.gz | 752.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p6d_full_validation.pdf.gz | 758.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p6d_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p6d_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/1p6d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28422.436 Da / 分子数: 1 / 変異: D55N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: plc / プラスミド: pMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P09598, phospholipase C | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-3PC / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: AMMOUNIUM SULPHATE, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月18日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE FOCUSING MIRRORS (NI&PT) +NI FILTER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 20598 / Num. obs: 20598 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 7.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1AH7 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.2303 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |