ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.1.24精密化 DENZOデータ削減 CCP4(SCALA)データスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.973 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.957 / SU B : 1.865 / SU ML : 0.063 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.102 / ESU R Free : 0.103 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.18447 1904 8.4 % RANDOM Rwork 0.14135 - - - all 0.14508 23380 - - obs 0.14508 20755 96.92 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 15.895 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.03 Å2 0 Å2 0.18 Å2 2- - 0.74 Å2 0 Å2 3- - - -0.69 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.7→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1799 0 24 236 2059
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 25) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.022 1857 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 1652 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.493 1.984 2510 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.671 3 3861 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.282 5 234 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.085 0.2 284 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.006 0.02 2084 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 348 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.219 0.2 480 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.245 0.2 1965 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.088 0.2 1080 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.281 0.2 145 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.092 0.2 11 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.32 0.2 77 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.234 0.2 34 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.871 1.5 1176 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.56 2 1890 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.363 3 681 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.875 4.5 620 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used : 20 / Rfactor 反射数 Rfree 0.21 133 Rwork 0.168 1485
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4056 -0.2334 -0.1807 0.809 0.0769 0.6096 0.0321 0.0096 0.0003 0.0521 -0.0357 -0.0522 -0.0215 0.0162 0.0036 0.0094 -0.0058 -0.0037 0.01 0.0056 0.0384 6.807 0.216 2.519 2 0.5988 0.2241 -0.9667 0.7179 -0.5301 1.4373 -0.0392 0.0214 0.0039 0.0346 -0.0204 -0.0374 0.0108 0.0062 0.0597 0.011 -0.0052 -0.0119 0.0124 -0.0012 0.0175 7.575 22.725 20.153
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA-1 - 117 10 - 128 2 X-RAY DIFFRACTION 2 BB3 - 118 14 - 129
精密化 *PLUS
最高解像度 : 1.7 Å / 最低解像度 : 20 Å / Rfactor Rfree : 0.141 / Rfactor Rwork : 0.184 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION r_bond_d0.014 X-RAY DIFFRACTION r_angle_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_deg1.5
LS精密化 シェル *PLUS
最高解像度 : 1.7 Å