ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→24.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.258 | 4122 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.224 | - | - | - |
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obs | 0.224 | 41133 | 99.7 % | - |
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all | - | 41133 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.9449 Å2 / ksol: 0.447286 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.84 Å2 | 3.77 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.84 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -5.68 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.24 Å | 0.2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.82 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5376 | 0 | 75 | 185 | 5636 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.89 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.26 | 668 | 9.9 % |
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Rwork | 0.223 | 6049 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | ION.PARAMALO.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ALO.PARION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rwork: 0.23 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.35 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg23.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.89 | | | | | | |
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