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- PDB-1o9m: The Complex of a novel antibiotic with the Aminoacyl Site of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9m
タイトルThe Complex of a novel antibiotic with the Aminoacyl Site of the Bacterial Ribosome Revealed by X-Ray Crystallography.
要素EUBACTERIAL A-SITE
キーワードANTIBIOTIC/RNA / RNA-ANTIBIOTIC INTERACTIONS / A-SITE / ANTIBIOTIC-RNA complex
機能・相同性4-AMINO-2-HYDROXYBUTANOIC ACID / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / 1-(AMINOETHYL)AMINO-4-AMINOBUTANE / PAROMOMYCIN (RING 2) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Russell, R. / Murray, J.B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: The Complex of a Designer Antibiotic with a Model Aminoacyl Site of the 30S Ribosomal Subunit Revealed by X-Ray Crystallography
著者: Russell, R. / Murray, J.B. / Lentzen, G. / Haddad, J. / Mobashery, S.
履歴
登録2002年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUBACTERIAL A-SITE
B: EUBACTERIAL A-SITE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6716
ポリマ－14,0972
非ポリマー5754
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.800, 46.550, 88.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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RNA鎖 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: RNA鎖 EUBACTERIAL A-SITE


分子量: 7048.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 糖 ChemComp-BDG / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / O-2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucose / 2,6-ジアミノ-2,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 178.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14N2O4
識別子タイププログラム
DGlcpN[6N]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-GlcpN6NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-PA2 / PAROMOMYCIN (RING 2)


分子量: 146.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O2
#4: 化合物 ChemComp-P24 / 1-(AMINOETHYL)AMINO-4-AMINOBUTANE / PA(24) / N-(2-アミノエチル)-1,4-ブタンジアミン


分子量: 131.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H17N3
#5: 化合物 ChemComp-42B / 4-AMINO-2-HYDROXYBUTANOIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-4-アミノ酪酸


分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: MPD, NACL, MGSO4, GLYCEROL, NA CACODYLATE, pH 6.40
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
140 %MPD1reservoir
22 mMantibiotic1drop
3200 mM1droppH6.4NaCac
4300 mM1dropKCl

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 32243 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J7T

1j7t


解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2981 563 10 %RANDOM
Rwork0.2507 ---
obs0.2507 5247 92.2 %-
溶媒の処理Bsol: 65 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 892 37 63 992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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