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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1njj | ||||||
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タイトル | Crystal structure determination of T. brucei ornithine decarboxylase bound to D-ornithine and to G418 | ||||||
要素 | ornithine decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / ornithine decarboxylase / ODC / PLP / pyridoxal 5'-phosphate / D-ornithine / G418 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ornithine decarboxylase / ornithine decarboxylase activity / polyamine biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Jackson, L.K. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: X-ray Structure Determination of Trypanosoma brucei Ornithine Decarboxylase Bound to D-Ornithine and to G418: INSIGHTS INTO SUBSTRATE BINDING AND ODC CONFORMATIONAL FLEXIBILITY. 著者: Jackson, L.K. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1njj.cif.gz | 290.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1njj.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1njj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1njj_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1njj_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1njj_validation.xml.gz | 63.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1njj_validation.cif.gz | 83 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1njj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/1njj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1f3tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47150.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) 生物種: Trypanosoma brucei / 株: gambiense / プラスミド: PODC29 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9TZZ6, ornithine decarboxylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ORX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Peg 3350, Hepes, DTT, NaCl, D-ornithine, G418, butyrolactone, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 16K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98.5 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 63372 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 253681 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1f3t with waters, K69, C360 and putrescine removed 解像度: 2.45→35 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→35 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.26 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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