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- PDB-1nhz: Crystal Structure of the Antagonist Form of Glucocorticoid Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nhz
タイトルCrystal Structure of the Antagonist Form of Glucocorticoid Receptor
要素GLUCOCORTICOID RECEPTOR
キーワードHormone receptor / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / ANTI PARALLEL ALPHA HELIX SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / microglia differentiation / mammary gland duct morphogenesis / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / regulation of gluconeogenesis / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / steroid binding / cellular response to dexamethasone stimulus / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / Circadian Clock / chromatin organization / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Potential therapeutics for SARS / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / apoptotic process / synapse / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-486 / HEXANE-1,6-DIOL / Glucocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kauppi, B. / Jakob, C. / Farnegardh, M. / Yang, J. / Ahola, H. / Alarcon, M. / Calles, K. / Engstrom, O. / Harlan, J. / Muchmore, S. ...Kauppi, B. / Jakob, C. / Farnegardh, M. / Yang, J. / Ahola, H. / Alarcon, M. / Calles, K. / Engstrom, O. / Harlan, J. / Muchmore, S. / Ramqvist, A.-K. / Thorell, S. / Ohman, L. / Greer, J. / Gustafsson, J.-A. / Carlstedt-Duke, J. / Carlquist, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Three-dimensional Structures of Antagonistic and Agonistic Forms of the Glucocorticoid Receptor Ligand-binding Domain: RU-486 INDUCES A TRANSCONFORMATION THAT LEADS TO ACTIVE ANTAGONISM.
著者: Kauppi, B. / Jakob, C. / Farnegardh, M. / Yang, J. / Ahola, H. / Alarcon, M. / Calles, K. / Engstrom, O. / Harlan, J. / Muchmore, S. / Ramqvist, A.-K. / Thorell, S. / Ohman, L. / Greer, J. / ...著者: Kauppi, B. / Jakob, C. / Farnegardh, M. / Yang, J. / Ahola, H. / Alarcon, M. / Calles, K. / Engstrom, O. / Harlan, J. / Muchmore, S. / Ramqvist, A.-K. / Thorell, S. / Ohman, L. / Greer, J. / Gustafsson, J.-A. / Carlstedt-Duke, J. / Carlquist, M.
履歴
登録2002年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / struct_keywords ...chem_comp / struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_keywords.text ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOCORTICOID RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9395
ポリマ－32,1551
非ポリマー7844
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GLUCOCORTICOID RECEPTOR
ヘテロ分子

A: GLUCOCORTICOID RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,87810
ポリマ－64,3102
非ポリマー1,5688
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.859, 109.764, 39.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-95-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GLUCOCORTICOID RECEPTOR / GR


分子量: 32155.072 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 500-777, hinge and steroid binding domains / 変異: N517D, F602S, C638D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P04150
#2: 化合物 ChemComp-486 / 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE / RU-486 / MIFEPRISTONE / ミフェプリストン


分子量: 429.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35NO2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 8000, 1, 6-hexanediol, NaSCN, Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 %PEG80001reservoir
2900 mM1,6-hexanediol1reservoir
3600 mM1reservoirNaSCN
4100 mMTris-HCl1reservoirpH8.2
510 mMTris-HCl1droppH8.5
62.5 mMdithiothreitol1drop
750000 nMRU-4861drop
85-12 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.26 Å / Num. all: 14833 / Num. obs: 14815 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2064 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.19精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 6.11 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27585 743 5 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
all0.20787 14815 --
obs0.20787 14072 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--2.84 Å20 Å2
3----2.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 56 128 2136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7971.9922767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.36334441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0835237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.22221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1050.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2690.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.51193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53821931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5013857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.044.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.251 64
Rwork0.196 1002
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.36 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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