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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n2b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Pantothenate Synthetase from M. tuberculosis in complex with AMPCPP and pantoate, higher occupancy of pantoate and lower occupancy of AMPCPP in subunit A | ||||||
![]() | Pantothenate synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / Rossmann fold / dimer / intersubunit beta sheet / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-alanine metabolic process / pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) / pantoate-beta-alanine ligase activity / pantothenate biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wang, S. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of a pantothenate synthetase from M. tuberculosis and its complexes with substrates and a reaction intermediate 著者: Wang, S. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31500.100 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, E77G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PANC / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5R0, UniProt: P9WIL5*PLUS, pantoate-beta-alanine ligase (AMP-forming) |
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-非ポリマー , 7種, 358分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/PAF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/PAF.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PAF / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-EOH / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3000, lithium sulfate, magnesium sulfate, imidazole, ethanol, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 56564 / Num. obs: 56564 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5103 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 86.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: rigid body refinement into new data 開始モデル: PDB entry 1MOP 解像度: 1.7→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: full occupancy of AMPCPP in subunit B, partial occupancy of AMPCPP and pantoate in subunit A, at 1.7 A.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.8248 Å2 / ksol: 0.390542 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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