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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1myw | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A YELLOW FLUORESCENT PROTEIN WITH IMPROVED MATURATION AND REDUCED ENVIRONMENTAL SENSITIVITY | ||||||
要素 | Green fluorescent protein | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / BIOLUMINESCENCE / PHOTOACTIVE PROTEIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / YELLOW-EMISSION VARIANT / IMPROVED MATURATION / BETA-BARREL / CHROMOPHORE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rekas, A. / Alattia, J.R. / Nagai, T. / Miyawaki, A. / Ikura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of Venus, a Yellow Fluorescent Protein with Improved Maturation and Reduced Environmental Sensitivity 著者: Rekas, A. / Alattia, J.R. / Nagai, T. / Miyawaki, A. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUES GLY65, TYR66, AND GLY67 ARE NOT PRESENT IN THE ENTRY. INSTEAD THEY ARE REPLACED WITH CR266. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1myw.cif.gz | 56.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1myw.ent.gz | 43.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1myw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1myw_validation.pdf.gz | 374.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1myw_full_validation.pdf.gz | 377.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1myw_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1myw_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/1myw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/1myw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1yfpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26875.287 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-230 変異: F46L, F64L, S65G, V68L, S72A, M153T, V163A, S175G, T203Y 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEYFP-F46L variant 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: PRSET_B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: Tris, ammonium sulfate, PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→23.88 Å / Num. all: 14560 / Num. obs: 14560 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.34 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.317 / % possible all: 94.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 121451 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.28 Å / 最低解像度: 2.37 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YFP 解像度: 2.2→23.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5482 Å2 / ksol: 0.412254 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.31 Å / Luzzati sigma a free: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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