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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmq | ||||||
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タイトル | MATRILYSIN COMPLEXED WITH HYDROXAMATE INHIBITOR | ||||||
要素 | MATRILYSIN | ||||||
キーワード | METALLOPROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 matrilysin / antibacterial peptide secretion / antibacterial peptide biosynthetic process / membrane protein intracellular domain proteolysis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / membrane protein ectodomain proteolysis / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...matrilysin / antibacterial peptide secretion / antibacterial peptide biosynthetic process / membrane protein intracellular domain proteolysis / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / membrane protein ectodomain proteolysis / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / regulation of cell population proliferation / defense response to Gram-negative bacterium / endopeptidase activity / Extra-nuclear estrogen signaling / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Browner, M.F. / Smith, W.W. / Castelhano, A.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Matrilysin-inhibitor complexes: common themes among metalloproteases. 著者: Browner, M.F. / Smith, W.W. / Castelhano, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mmq.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mmq.ent.gz | 33.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mmq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mmq_validation.pdf.gz | 461.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mmq_full_validation.pdf.gz | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mmq_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mmq_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18741.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P09237, matrilysin | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-RRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17-25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 15546 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 83992 / Rmerge(I) obs: 0.12 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |