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- PDB-1md2: CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH DECAVALENT LIGAND BMSC-0013 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1md2
タイトルCHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH DECAVALENT LIGAND BMSC-0013
要素CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
キーワードTOXIN (毒素) / multivalent inhibitor toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / ペリプラズム / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-233 / シアン化物 / 3-ETHYLAMINO-4-METHYLAMINO-CYCLOBUTANE-1,2-DIONE / : / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous to 3CHB / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zhang, Z. / Merritt, E.A. / Ahn, M. / Roach, C. / Hol, W.G.J. / Fan, E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002
タイトル: Solution and crystallographic studies of branched multivalent ligands that inhibit the receptor-binding of cholera toxin.
著者: Zhang, Z. / Merritt, E.A. / Ahn, M. / Roach, C. / Hou, Z. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E.
履歴
登録2002年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Remark 600HETEROGEN Ligand 233 (BMSC-0013) is a decavalent ligand consisting of a pentacyclen core to which ...HETEROGEN Ligand 233 (BMSC-0013) is a decavalent ligand consisting of a pentacyclen core to which are attached five long arms, each containing four 'linker' moieties followed by a squaric acid moiety and then branching to present two monovalent ligands derived from beta-D-galactose. A single copy of the decavalent ligand lies on a 2-fold and straddles two crystallographic asymmetric units. The central core and linker groups do not satisfy crystallographic symmetry and are not visible in the structure and hence not present in this model. The sulfur atom belongs to an unknown species (residue 109, chains D-H) constituting a partial- occupancy improperly formed cysteine disulfide between residues 9 and 86. That is, ~80% of the time there is a 9-86 disulfide and ~20% of the time there is a 9-??? disulfide.
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
E: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
F: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
G: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
H: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,36713
ポリマ－58,2775
非ポリマー2,0908
水12,142674
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.124, 66.176, 78.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-1208-

CYN

21F-1208-

CYN

詳細The crystallized complex contains two CTB pentamers sandwiching a single decavalent ligand. This sandwich spans 2 asymmetric units.

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要素

#1: タンパク質
CHOLERA TOXIN B SUBUNIT


分子量: 11655.332 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 48890, UniProt: P01556*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-233 / [5-(3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLCARBAMOYL)-PENTYL]-CARBAMIC ACID METHYL ESTER / BMSC-0013


分子量: 350.365 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N2O8
#3: 化合物 ChemComp-SQ / 3-ETHYLAMINO-4-METHYLAMINO-CYCLOBUTANE-1,2-DIONE / SQUARIC ACID / スクアリン酸


分子量: 156.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12N2O2 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド / シアン化物


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature rtK
Temp details: room temperature
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.0 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1droppH7.5
30.25 mMligand 121drop
450 mM1reservoirNaCl
5100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
640 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 84651 / Num. obs: 84651 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3176 / % possible all: 32
反射
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 81475 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 1.51 Å / % possible obs: 54 % / Num. unique obs: 5338 / Rmerge(I) obs: 0.306

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
TRUNCATEデータ削減
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: isomorphous to 3CHB
開始モデル: PDB entry 3CHB

3chb


解像度: 1.45→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97049 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95845 / σ(F): 0 / ESU R: 0.07416 / ESU R Free: 0.06325
Rfactor反射数
Rfree0.16432 4085
Rwork0.1252 -
all-77338
obs-77338
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4100 0 193 674 4967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.45-1.5220.2373310.18X-RAY DIFFRACTION64186
1.522-1.6010.1954820.138X-RAY DIFFRACTION85766
1.601-1.6890.164530.106X-RAY DIFFRACTION91706
1.689-1.7870.164280.093X-RAY DIFFRACTION82466
1.787-1.8970.1633840.087X-RAY DIFFRACTION73316
1.897-2.0210.1413560.092X-RAY DIFFRACTION64906
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.164 / Rfactor Rwork: 0.125
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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