ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 1 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J7T 解像度: 2.54→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1338987.24 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996)
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.264 | 396 | 8.5 % | random |
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Rwork | 0.214 | - | - | - |
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all | - | 4899 | - | - |
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obs | - | 4644 | 91.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7193 Å2 / ksol: 0.284702 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 61.4 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.42 Å | 0.32 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.4 Å | 0.32 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 898 | 64 | 76 | 1038 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005567 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.03474 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d9.71789 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.75231 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.54→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.426 | 53 | 7.8 % |
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Rwork | 0.314 | 629 | - |
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obs | - | - | 82.5 % |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 7.5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg9.71789 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.75231 | | | | | | |
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