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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kyw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Caffeic Acid/5-hydroxyferulic acid 3/5-O-methyltransferase in complex with 5-hydroxyconiferaldehyde | ||||||
要素 | Caffeic acid 3-O-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / O-methyltransferase / lignification / protein-ligand complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caffeate O-methyltransferase activity / caffeate O-methyltransferase / phenylpropanoid biosynthetic process / lignin biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zubieta, C. / Kota, P. / Ferrer, J.-L. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2002 タイトル: Structural basis for the modulation of lignin monomer methylation by caffeic acid/5-hydroxyferulic acid 3/5-O-methyltransferase. 著者: Zubieta, C. / Kota, P. / Ferrer, J.L. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kyw.cif.gz | 219.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kyw.ent.gz | 175.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kyw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/1kyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/1kyw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39990.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28002, caffeate O-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, calcium actetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→90 Å / Num. all: 52828 / Num. obs: 47650 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 43.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 90 Å / Num. obs: 53959 / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 207847 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43 % / Rmerge(I) obs: 0.42 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: partial seleno-methionine model of COMT (unpublished) 解像度: 2.4→97.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1028582.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3534 Å2 / ksol: 0.361262 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→97.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.205 / 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 99 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.384 / Rfactor Rwork: 0.316 |