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- PDB-1kgq: Crystal Structure of Tetrahydrodipicolinate N-Succinyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kgq
タイトルCrystal Structure of Tetrahydrodipicolinate N-Succinyltransferase in Complex with L-2-aminopimelate and Succinamide-CoA
要素2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / LEFT-HANDED PARALLEL BETA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat ...Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-aminoheptanedioic acid / SUCCINAMIDE-COA / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Beaman, T.W. / Vogel, K.W. / Drueckhammer, D.G. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Acyl group specificity at the active site of tetrahydridipicolinate N-succinyltransferase.
著者: Beaman, T.W. / Vogel, K.W. / Drueckhammer, D.G. / Blanchard, J.S. / Roderick, S.L.
履歴
登録2001年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年6月1日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9453
ポリマ－29,9191
非ポリマー1,0262
水1,53185
1
A: 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8349
ポリマ－89,7573
非ポリマー3,0776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.840, 95.840, 72.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-y,x-y,z and -x+y,1-x,z

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要素

#1: タンパク質 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE / TETRAHYDRODIPICOLINATE N-SUCCINYLTRANSFERASE / THP SUCCINYLTRANSFERASE / TETRAHYDROPICOLINATE SUCCINYLASE


分子量: 29918.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 遺伝子: dapD / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P56220, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NPI / (2S)-2-aminoheptanedioic acid / L-2-AMINOPIMELIC ACID / (S)-2-アミノヘプタン二酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO4
#3: 化合物 ChemComp-SCO / SUCCINAMIDE-COA


分子量: 850.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H41N8O19P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 詳細: Binder, D.A., (1996) Proteins, 26, 115.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
312 %PEG40001reservoir
4200 mMammonium sulfate1reservoir
5100 mMMES1reservoirpH6.2
62.5 mMCoA1reservoir
716 mM2-aminopimelate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年4月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→99 Å / Num. all: 16693 / Num. obs: 16693 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. measured all: 59293 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
X-GENデータ削減
XDSデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.25 868 RANDOM
Rwork0.174 --
all0.179 16693 -
obs0.179 16479 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 67 85 2231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.2
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor Rwork: 0.27 / Rfactor obs: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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