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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kb9 | ||||||
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タイトル | YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / oxidoreductase / ubiquinone / stigmatellin / cardiolipin / phosphatidylinositol / phosphatidylcholin / phosphatidylethanolamin / undecyl-maltopyranoside / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Mitochondrial protein degradation / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity ...: / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Mitochondrial protein degradation / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cellular respiration / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / aerobic respiration / proton transmembrane transport / nuclear periphery / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Lange, C. / Nett, J.H. / Trumpower, B.L. / Hunte, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: SPECIFIC ROLES OF PROTEIN-PHOSPHOLIPID INTERACTIONS IN THE YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX STRUCTURE 著者: Lange, C. / Nett, J.H. / Trumpower, B.L. / Hunte, C. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Structure Of The Yeast Cytochrome Bc1 Complex Co-Crystallized With An Antibody Fv-Fragment 著者: Hunte, C. / Koepke, J. / Lange, C. / Rossmanith, T. / Michel, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kb9.cif.gz | 461.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kb9.ent.gz | 377.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kb9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kb9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kb9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kb9_validation.xml.gz | 52.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kb9_validation.cif.gz | 77.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/1kb9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 6種, 6分子 ABFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 47445.242 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 27-457 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-368 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07257, quinol-cytochrome-c reductase |
#6: タンパク質 | 分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 74-147 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00127, quinol-cytochrome-c reductase |
#7: タンパク質 | 分子量: 14355.443 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-127 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00128, quinol-cytochrome-c reductase |
#8: タンパク質 | 分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-94 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08525, quinol-cytochrome-c reductase |
#9: タンパク質 | 分子量: 6301.232 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 4-58 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#3: タンパク質 | 分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P00163 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27521.020 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 62-307 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07143 |
#5: タンパク質 | 分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-215 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P08067, quinol-cytochrome-c reductase |
-抗体 , 2種, 2分子 JK
#10: 抗体 | 分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#11: 抗体 | 分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 |
-非ポリマー , 10種, 333分子
#12: 化合物 | ChemComp-PCF / | ||||||||||||||
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#13: 化合物 | ChemComp-UMQ / | ||||||||||||||
#14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-SMA / | #16: 化合物 | ChemComp-UQ6 / | #17: 化合物 | ChemComp-PIE / | #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-CDL / | #20: 化合物 | ChemComp-FES / | #21: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.83 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG4000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Hunte, C., (2000) Structure, 8, 669. |
-データ収集
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→14.96 Å / Num. all: 168517 / Num. obs: 168517 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Limit h max: 82 / Limit h min: -93 / Limit k max: 71 / Limit k min: -93 / Limit l max: 63 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 3621196.32 / Observed criterion F min: 18.17 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→14.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 38.6265 Å2 / ksol: 0.273859 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.38 Å2 / Biso mean: 69.92 Å2 / Biso min: 20.92 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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