PDB-1k9s: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FORM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1k9s

タイトル

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FORMYCIN A DERIVATIVE AND PHOSPHATE

要素

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / E. COLI

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koellner, G. / Bzowska, A. / Wielgus-Kutrowska, B. / Luic, M. / Steiner, T. / Saenger, W. / Stepinski, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Open and closed conformation of the E. coli purine nucleoside phosphorylase active center and implications for the catalytic mechanism.
著者: Koellner, G. / Bzowska, A. / Wielgus-Kutrowska, B. / Luic, M. / Steiner, T. / Saenger, W. / Stepinski, J.

履歴

登録	2001年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1k9s.cif.gz	306.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1k9s.ent.gz	247.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1k9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1k9s_validation.pdf.gz	718.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1k9s_full_validation.pdf.gz	737.2 KB	表示
XML形式データ	1k9s_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	1k9s_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a69 1ecp
類似構造データ	4tti-d 4ts9-1 4ts3-d 1oum-1 3ut6-1 3ooh-2 4d98-1 1pr5-1 1a69-1 5i3c-1 1pr4-1 5mx8-1 3ooh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

B: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

C: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

D: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

E: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

F: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

ヘテロ分子

157 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.779, 178.779, 167.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE 分子量: 25721.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABP8, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-FM2 / 2-(7-AMINO-6-METHYL-3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-3-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 6-METHYL-FORMYCIN A 分子量: 282.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₄
#4: 化合物	ChemComp-FM1 / 2-HYDROXYMETHYL-5-(7-METHYLAMINO-3H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-3-YL)-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / N7-METHYL-FORMYCIN A 分子量: 281.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.7 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28-35% ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

pH: 5.4 / 詳細: Cook, W.J., (1985) J. Biol. Chem., 260, 12968.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	30 mg/ml	protein	1	drop
2	15 %sat	ammonium sulfate	1	drop
3	0.025 M	citrate	1	drop
4	30 %sat	ammonium sulfate	1	reservoir
5	0.05 M	citrate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 290 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9095 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9095 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.95 Å / Num. obs: 178749 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.106
反射シェル	解像度: 2→2.13 Å / % possible all: 97.6
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all*: 622701
反射シェル	PLUS 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 97.3 % / R_merge(I) obs*: 0.412

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→19.95 Å / R_factor R_free error: 0.001 / Data cutoff high absF: 5548199.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	17760	9.9 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.161	178749	98.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 56.3701 Å² / k_sol: 0.337517 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.78 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.19 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10890	0	149	1238	12277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.97
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.83	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.39	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.62	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.23	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	2917	10 %
R_work	0.22	26396	-
obs	-	-	97.6 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	PO4.PARAM	PO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	FMA.PARAM	FMA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 10.3 % / R_factor R_free: 0.183

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 24.9 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.97
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.83	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.62	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.39	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.23	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.231 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_work: 0.22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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