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- PDB-1k4t: HUMAN DNA TOPOISOMERASE I (70 KDA) IN COMPLEX WITH THE POISON TOP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k4t
タイトルHUMAN DNA TOPOISOMERASE I (70 KDA) IN COMPLEX WITH THE POISON TOPOTECAN AND COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX
要素
  • 5'-D(*(TGP)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • DNA topoisomerase I
キーワードISOMERASE/DNA / Complex (Isomerase-DNA) / DNA / Topoisomerase I / drug / poison / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / embryonic cleavage / programmed cell death / supercoiled DNA binding / DNA binding, bending / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / male germ cell nucleus / chromosome segregation / protein-DNA complex / P-body / circadian regulation of gene expression / fibrillar center / circadian rhythm / chromosome / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / perikaryon / peptidyl-serine phosphorylation / DNA replication / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain ...Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #10 / : / Yeast DNA topoisomerase - domain 1 / DNA Topoisomerase I; domain 2 / DNA Topoisomerase I, domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 2 / DNA topoisomerase I, DNA binding, N-terminal domain 1 / DNA topoisomerase I, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha/beta subdomain / Topoisomerase I C-terminal domain / DNA topoisomerase I, DNA binding, eukaryotic-type, N-terminal domain superfamily / Eukaryotic DNA topoisomerase I, DNA binding fragment / C-terminal topoisomerase domain / DNA Topoisomerase I (eukaryota) / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / Topoisomerase I; Chain A, domain 3 / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-TTC / Chem-TTG / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Staker, B.L. / Hjerrild, K. / Feese, M.D. / Behnke, C.A. / Burgin Jr., A.B. / Stewart, L.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The mechanism of topoisomerase I poisoning by a camptothecin analog
著者: Staker, B.L. / Hjerrild, K. / Feese, M.D. / Behnke, C.A. / Burgin Jr., A.B. / Stewart, L.J.
履歴
登録2001年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'
C: 5'-D(*(TGP)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: DNA topoisomerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9728
ポリマ－83,7164
非ポリマー1,2564
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.093, 116.260, 75.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3061.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*(TGP)P*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3716.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 6690.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 DNA topoisomerase I


分子量: 70248.023 Da / 分子数: 1
Fragment: Core Domain and C-Terminal Domain, Residues 174-765
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11387, DNA topoisomerase

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#5: 化合物 ChemComp-TTG / 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID / HYDROLYZED PRODUCT OF TOPOTECAN / (αS)-α-ヒドロキシ-8-オキシラト-1(11H)-オキソ-α-エチル-2-(ヒドロキシメチル)-9-(ジメチルア(以下略)


分子量: 439.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O6
#6: 化合物 ChemComp-TTC / (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE / TOPOTECAN, HYCAMTIN / トポテカン


分子量: 421.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N3O5 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Ammonium Sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2Ammonium Sulfate11
3MES11
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %(w/v)PEG80001reservoir
2200 mMlithium sulfate1reservoir
3100 mM1reservoirpH6.5
40.05 mMsuicide duplex substrate1drop
510 mMtopotecan1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 46866 / Num. obs: 46866 / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 32.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 81.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX精密化
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4384 9.6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all-45727 --
obs-45727 80.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.6212 Å2 / ksol: 0.301173 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å21.41 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---4.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 892 77 227 5883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.59
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 413 9.8 %
Rwork0.306 3811 -
obs--44.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TTC_PAR.PARAMTTC_TOP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 2000.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection obs: 46866 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg3.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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