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- PDB-1jpz: Crystal structure of a complex of the heme domain of P450BM-3 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jpz
タイトルCrystal structure of a complex of the heme domain of P450BM-3 with N-Palmitoylglycine
要素BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-substrate complex / hemeprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-PALMITOYLGLYCINE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Haines, D.C. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Peterson, J.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Pivotal role of water in the mechanism of P450BM-3.
著者: Haines, D.C. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Peterson, J.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: The structure of the cytochrome p450BM-3 haem domain complexed with the fatty acid substrate, palmitoleic acid
著者: Li, H. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The catalytic pathway of cytochrome p450cam at atomic resolution
著者: Schlichting, I. / Berendzen, J. / Chu, K. / Stock, A.M. / Maves, S.A. / Benson, D.E. / Sweet, R.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Sligar, S.G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structure of a cytochrome P450-redox partner electron-transfer complex
著者: Sevrioukova, I.F. / Li, H. / Zang, H. / Peterson, J.A. / Poulos, T.L.
履歴
登録2001年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE
B: BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6576
ポリマ－107,7972
非ポリマー1,8604
水17,204955
1
A: BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8283
ポリマ－53,8981
非ポリマー9302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8283
ポリマ－53,8981
非ポリマー9302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.190, 148.356, 64.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.82, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL P-450:NADPH-P450 REDUCTASE / E.C.1.14.14.1 / P450BM-3 / CYTOCHROME P450(BM-3) [INCLUDES: CYTOCHROME P450 102 / NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE / ...P450BM-3 / CYTOCHROME P450(BM-3) [INCLUDES: CYTOCHROME P450 102 / NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE / cytochrome P450 BM-3/NADPH--ferrihemoprotein reductase / cytochrome P-450:NADPH-P-450 reductase


分子量: 53898.422 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOCHROME P450 102 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
プラスミド: pProEx-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5(alpha)F'IQ / 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-140 / N-PALMITOYLGLYCINE / N-HEXADECANOYLGLYCINE / N-パルミトイルグリシン


分子量: 313.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H35NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6% PEG 3350, 25 mM potassium phosphate, 50 mM magnesium chloride, 50 mM Morpholinoethanesulfonic acid pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 %(w/v)PEG33501reservoir
2150 mM1reservoirMgCl2
3100 mMMES1reservoir
412.5 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月31日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 259395 / Num. obs: 218743 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4962 / % possible all: 38.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 38.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1FAG

1fag


解像度: 1.65→30 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE PHI, PSI TORSION ANGLES OF LEUCINE 437 IN BOTH MONOMERS FALL IN THE DISALLOWED REGIONS, BUT THE DENSITY FOR THESE RESIDUES IS QUITE CLEAR. THEY OCCUR IN A TIGHT TURN NEAR THE SUBSTRATE BINDING CAVITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 10378 4.7 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.178 259395 --
obs0.178 218743 84.3 %-
溶媒の処理Bsol: 49.7 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.184 Å20 Å2
3----4.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7440 0 130 955 8525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.04
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.59
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 501 1.94 %
Rwork0.439 --
all-11319 -
obs-10818 44 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3LIGANDS.PARAMLIGANDS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.7 % / Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.474 / Rfactor Rwork: 0.439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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