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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jmz | ||||||
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タイトル | crystal structure of a quinohemoprotein amine dehydrogenase from pseudomonas putida with inhibitor | ||||||
要素 | (Amine Dehydrogenase) x 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Amine Dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oxidoreductases; Acting on the CH-NH2 group of donors; With a copper protein as acceptor / aliphatic amine dehydrogenase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Satoh, A. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of quinohemoprotein amine dehydrogenase from Pseudomonas putida. Identification of a novel quinone cofactor encaged by multiple thioether cross-bridges. 著者: Satoh, A. / Kim, J.K. / Miyahara, I. / Devreese, B. / Vandenberghe, I. / Hacisalihoglu, A. / Okajima, T. / Kuroda, S. / Adachi, O. / Duine, J.A. / Van Beeumen, J. / Tanizawa, K. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jmz.cif.gz | 190.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jmz.ent.gz | 156.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jmz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jmz_validation.pdf.gz | 565.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jmz_full_validation.pdf.gz | 583 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jmz_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jmz_validation.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/1jmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/1jmz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABG
#1: タンパク質 | 分子量: 53986.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8VW85 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39284.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8VW82 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8630.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A182 |
-非ポリマー , 4種, 300分子
#4: 化合物 | ChemComp-NI / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PND / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG MME2000, nickel chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34 Å / Num. obs: 75744 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.211 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.009 | |||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.293 / Rfactor obs: 0.279 |