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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jje | ||||||
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タイトル | IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH A BIARYL SUCCINIC ACID INHIBITOR (11) | ||||||
要素 | IMP-1 METALLO BETA-LACTAMASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / METALLO-BETA-LACTAMASE INHIBITOR / SUCCINIC ACID INHIBITOR / IMP-1 METALLO-BETA-LACTAMASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fitzgerald, P.M.D. / Sharma, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Succinic acids as potent inhibitors of plasmid-borne IMP-1 metallo-beta-lactamase. 著者: Toney, J.H. / Hammond, G.G. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / Balkovec, J.M. / Rouen, G.P. / Olson, S.H. / Hammond, M.L. / Greenlee, M.L. / Gao, Y.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jje.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jje.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jje_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jje_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jje_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jje_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jje | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24535.006 Da / 分子数: 2 / 断片: metallo-beta-lactamase / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PLEASE NOTE THAT THE PROTEIN CONTAINS POSTRANSLATIONAL MODIFICATION: ATOM CG OF ASN 26 IS BOUND TO ATOM N OF GLY 27. THIS ACCOUNTS FOR MISSING ATOMS LISTED IN REMARK 470 AND DISTORTED ...詳細: PLEASE NOTE THAT THE PROTEIN CONTAINS POSTRANSLATIONAL MODIFICATION: ATOM CG OF ASN 26 IS BOUND TO ATOM N OF GLY 27. THIS ACCOUNTS FOR MISSING ATOMS LISTED IN REMARK 470 AND DISTORTED GEOMETRY REPORTED FOR THESE RESIDUES. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P52699, UniProt: Q79MP6*PLUS, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG MONOMETHYL ETHER 550, ZINC ACETATE, MES PH 6.7-7.1, 310 K, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月22日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→99 Å / Num. all: 35791 / Num. obs: 35791 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.59 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0752 / Net I/σ(I): 13.005 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4997 / Mean I/σ(I) obs: 1.336 / Num. unique all: 5910 / % possible all: 100 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 5910 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: ANOTHER INHIBITED COMPLEX IN THE SAME SPACE GROUP 解像度: 1.8→10 Å / Num. parameters: 14767 / Num. restraintsaints: 14533 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELXL 97 SWAT PARAMETER REFINEMENT | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3688 | |||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): -3 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.337 | |||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.87 Å / Num. reflection obs: 3653 / Rfactor obs: 0.365 |