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万見
- PDB-1jb0: Crystal Structure of Photosystem I: a Photosynthetic Reaction Cen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jb0
タイトルCrystal Structure of Photosystem I: a Photosynthetic Reaction Center and Core Antenna System from Cyanobacteria
要素
  • (PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT ...) x 8
  • (PHOTOSYSTEM I ...) x 4
キーワードPHOTOSYNTHESIS / MEMBRANE PROTEIN / MULTIPROTEIN-PIGMENT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis ...: / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-t-alpha / Photosystem I PsaK, reaction centre / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family ...Alpha-t-alpha / Photosystem I PsaK, reaction centre / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I 4.8K protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N.
引用
ジャーナル: NATURE / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional Structure of Cyanobacterial Photosystem I at 2.5 A Resolution
著者: Jordan, P. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Klukas, O. / Saenger, W. / Krauss, N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: PHOTOSYSTEM I, AN IMPROVED MODEL OF THE STROMAL SUBUNITS PSAC, PSAD AND PSAE
著者: Klukas, O. / Schubert, W.D. / Jordan, P. / Krauss, N. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: LOCALISATION OF TWO PHYLLOQUINONES, QK AND QK', IN AN IMPROVED ELECTRON DENSITY MAP OF PHOTOSYSTEM I AT 4-A RESOLUTION
著者: Klukas, O. / Schubert, W.D. / Jordan, P. / Krau, N. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: PHOTOSYSTEM I OF SYNECHOCOCCUS ELONGATUS AT 4 A RESOLUTION: COMPREHENSIVE STRUCTURE ANALYSIS
著者: Schubert, W.D. / Klukas, O. / Krauss, N. / Saenger, W. / Fromme, P. / Witt, H.T.
#4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: PHOTOSYSTEM I AT 4 A RESOLUTION REPRESENTS THE FIRST STRUCTURAL MODEL OF A JOINT PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTRE AND CORE ANTENNA SYSTEM
著者: Krauss, N. / Schubert, W.D. / Klukas, O. / Fromme, P. / Witt, H.T. / Saenger, W.
履歴
登録2001年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Non-polymer description
改定 1.42016年5月11日Group: Derived calculations
改定 1.52018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62019年11月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1
B: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2
C: PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
D: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT II
E: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IV
F: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT III
I: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT VIII
J: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IX
K: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT X
L: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XI
M: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XII
X: PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,700140
ポリマ－257,16212
非ポリマー102,539128
水3,621201
1
A: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1
B: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2
C: PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
D: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT II
E: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IV
F: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT III
I: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT VIII
J: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IX
K: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT X
L: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XI
M: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XII
X: PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAX
ヘテロ分子

A: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1
B: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2
C: PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
D: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT II
E: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IV
F: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT III
I: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT VIII
J: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IX
K: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT X
L: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XI
M: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XII
X: PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAX
ヘテロ分子

A: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1
B: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2
C: PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
D: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT II
E: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IV
F: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT III
I: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT VIII
J: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IX
K: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT X
L: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XI
M: PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XII
X: PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,079,100420
ポリマ－771,48536
非ポリマー307,616384
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)281.000, 281.000, 165.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-4042-

HOH

-
要素

-
PHOTOSYSTEM I ... , 4種, 4分子 ABCX

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1 / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAA


分子量: 83267.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25896, UniProt: P0A405*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2 / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAB


分子量: 82992.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25897, UniProt: P0A407*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAC


分子量: 8678.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P18083, UniProt: P0A415*PLUS
#12: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAX


分子量: 3845.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8DKP6*PLUS

-
PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM

#4: タンパク質 PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT II / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAD


分子量: 15258.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P20452, UniProt: P0A420*PLUS
#5: タンパク質 PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IV / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAE


分子量: 8268.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25898, UniProt: P0A423*PLUS
#6: タンパク質 PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT III / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAF


分子量: 17716.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25899, UniProt: P0A401*PLUS
#7: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT VIII / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAI


分子量: 4297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25900, UniProt: P0A427*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT IX / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAJ


分子量: 4770.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25901, UniProt: P0A429*PLUS
#9: タンパク質 PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT X / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAK


分子量: 8483.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P20453, UniProt: P0A425*PLUS
#10: タンパク質 PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XI / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAL


分子量: 16156.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25902, UniProt: Q8DGB4*PLUS
#11: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM 1 REACTION CENTRE SUBUNIT XII / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT PSAM


分子量: 3426.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Synechococcus elongatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P25903, UniProt: P0A403*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 329分子

#13: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#15: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#16: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#17: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#19: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.4
詳細: beta-dodecylmaltoside, magnesium sulfate, pH 6.4, MICRODIALYSIS, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
詳細: Fromme, P., (1998) Biochim. Biophys. Acta, 1365, 175.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mM11MgSO4
21 mMchlorophyll11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID210.99
シンクロトロンESRF ID220.99
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年11月20日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年11月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 246961 / Num. obs: 246961 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 22495 / % possible all: 88.9
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 4743 -random
Rwork0.199 ---
all0.199 233377 --
obs0.199 233377 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT CORRECTION HAS BEEN APPLIED IN CNS
原子変位パラメータBiso mean: 46.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17394 0 6603 201 24198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.547
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.520.287570.2963476X-RAY DIFFRACTION3533
2.52-2.530.29820.282X-RAY DIFFRACTION4107
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.61
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.296

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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