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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ijd | ||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of the LH3 Complex from Rhodopseudomonas acidophila strain 7050 | ||||||
![]() | (LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ...) x 2 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Pigment-protein complex / alpha-helix apoproteins / intergral membrane protein / light harvesting | ||||||
機能・相同性 | ![]() organelle inner membrane / : / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystallographic structure of the B800-820 LH3 light-harvesting complex from the purple bacteria Rhodopseudomonas acidophila strain 7050. 著者: McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of the B800-820 Light-harvesting Complex from Rhodopseudomonas acidophila Strain 7050 著者: McLuskey, K. / Prince, S.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1kzuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-LIGHT-HARVESTING PROTEIN B-800/820, ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 5578.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic purple bacteria / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4731.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic purple bacteria / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/RPA.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
![](data/chem/img/BOG.gif)
#4: 糖 | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 51分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-BCL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: potassium phosphate, benzamidine HCl, B-Octyl glucoside, sodium chloride, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: McLuskey, K., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 885. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→42 Å / Num. obs: 18970 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 4.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.7 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.085 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KZU (LH2 complex from Rps. acidophila strain 10050) 解像度: 3→42 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: Engh & Huber for protein, for cofactors; geometry derived from small molecule structures
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.36 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→42 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.243 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.4 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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