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- PDB-1ibg: STRUCTURE AND SPECIFICITY OF THE ANTI-DIGOXIN ANTIBODY 40-50 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibg
タイトルSTRUCTURE AND SPECIFICITY OF THE ANTI-DIGOXIN ANTIBODY 40-50
要素
  • IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / FAB / COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / COPPER (II) ION / OUABAIN / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Sheriff, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure and Specificity of the Anti-Digoxin Antibody 40-50
著者: Jeffrey, P.D. / Schildbach, J.F. / Chang, C.Y. / Kussie, P.H. / Margolies, M.N. / Sheriff, S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Anti-Digoxin Antibodies
著者: Chang, C.Y. / Shih, H. / Jeffrey, P.D. / Margolies, M.N. / Sheriff, S.
履歴
登録1994年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01995年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6374
ポリマ－46,9892
非ポリマー6482
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
2
L: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

L: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2758
ポリマ－93,9794
非ポリマー1,2964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11380 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area35630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.660, 84.770, 70.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 77 / 3: CIS PROLINE - PRO L 95 / 4: CIS PROLINE - PRO L 141
5: GLY H 8 - PRO H 9 OMEGA = 236.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: CIS PROLINE - PRO H 149 / 7: CIS PROLINE - PRO H 151
8: TRP H 199 - PRO H 200 OMEGA = 215.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: 抗体 IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23842.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J / 参照: PIR: JC5810
#2: 抗体 IGG2B-KAPPA 40-50 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23146.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-OBN / OUABAIN


分子量: 584.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44O12
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN ...THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN (RESIDUES 1 - 223) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR H. THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, C. FOELLER SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED., (1991), NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD.). RESIDUE 1 (ASP) OF THE LIGHT CHAIN (L) AND RESIDUE 1 (GLN) OF THE HEAVY CHAIN (H) ARE MISSING FROM THE MODEL DUE TO NO ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
21 mM1dropCu+
315 %(w/v)PEG33501drop
44.5 mMouabain1drop
550 mMTris-HCl1drop
615 %(w/v)PEG33501reservoir
750 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 12688
反射
*PLUS
最高解像度: 2.43 Å / Num. measured all: 24232 / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.209 -
obs0.209 9717
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3305 0 42 1 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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