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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i8n | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF LEECH ANTI-PLATELET PROTEIN | ||||||
要素 | ANTI-PLATELET PROTEIN | ||||||
キーワード | TOXIN / PAN MODULE | ||||||
機能・相同性 | Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / extracellular region / Alpha Beta / PROPIONAMIDE / Anti-platelet protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haementeria officinalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Huizinga, E.G. / Schouten, A. / Connolly, T.M. / Kroon, J. / Sixma, J.J. / Gros, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: The structure of leech anti-platelet protein, an inhibitor of haemostasis. 著者: Huizinga, E.G. / Schouten, A. / Connolly, T.M. / Kroon, J. / Sixma, J.J. / Gros, P. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: An inhibitor of Collagen-Stimulated Platelet Activation from the salivary glands of the Haementeria Officinalis Leech. I. Identification, Isolation, and Characterization 著者: Connolly, T.M. / Jacobs, J.W. / Condra, C. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: An inhibitor of Collagen-Stimulated Platelet Activation from the salivary glands of the Haementeria Officinalis Leech. II. Cloning of the cDNA and Expression 著者: Keller, P.M. / Schultz, L.D. / Condra, C. / Karczewski, J. / Connolly, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i8n.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i8n.ent.gz | 53.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i8n_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i8n_full_validation.pdf.gz | 462.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i8n_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i8n_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13767.517 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haementeria officinalis (無脊椎動物) 遺伝子: LAPP / プラスミド: PKH4 ALPHA 2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1995 / 参照: UniProt: Q01747 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: MPD, sodium citrate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8825 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8825 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 27864 / Num. obs: 27864 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 35.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1822 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 96.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.23 Å / % possible obs: 96.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 42.9627 Å2 / ksol: 0.359435 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.332 / Rfactor Rwork: 0.312 |