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- PDB-1g9q: COMPLEX STRUCTURE OF THE ADPR-ASE AND ITS SUBSTRATE ADP-RIBOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9q
タイトルCOMPLEX STRUCTURE OF THE ADPR-ASE AND ITS SUBSTRATE ADP-RIBOSE
要素HYPOTHETICAL 23.7 KDA PROTEIN IN ICC-TOLC INTERGENIC REGION
キーワードHYDROLASE / Nudix
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrophosphatase activity / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / response to heat / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate pyrophosphatase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / ADP-ribose pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: The structure of ADP-ribose pyrophosphatase reveals the structural basis for the versatility of the Nudix family.
著者: Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M.
履歴
登録2000年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月8日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 23.7 KDA PROTEIN IN ICC-TOLC INTERGENIC REGION
B: HYPOTHETICAL 23.7 KDA PROTEIN IN ICC-TOLC INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5104
ポリマ－47,3922
非ポリマー1,1192
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.930, 67.890, 98.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 23.7 KDA PROTEIN IN ICC-TOLC INTERGENIC REGION / ADP-RIBOSE PYROPHOSPHATASE


分子量: 23695.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ORF209 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93K97, ADP-ribose diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: peg 1000, peg 8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5
詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 2:1 ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-Cl1drop
31 mMEDTA1drop
410 %(w/v)PEG80001reservoir
510 %(w/v)PEG10001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.18 Å / Num. all: 242509 / Num. obs: 30010 / % possible obs: 93.2 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射
*PLUS
Num. measured all: 242509
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→34.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 297241.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1074 5.6 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 19111 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.75 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3---0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 72 234 3562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.27 3076 -
obs--91.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WEAK2.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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