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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fq6 | |||||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF GLYCOL INHIBITOR PD-133,450 BOUND TO SACCHAROPEPSIN | |||||||||
要素 | SACCHAROPEPSIN | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 saccharopepsin / microautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / oligosaccharide binding / pexophagy / fungal-type vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / macroautophagy / autophagy / disordered domain specific binding ...saccharopepsin / microautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / oligosaccharide binding / pexophagy / fungal-type vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / macroautophagy / autophagy / disordered domain specific binding / peptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Cronin, N.B. / Badasso, M.O. / Tickle, I.J. / Dreyer, T. / Hoover, D.J. / Rosati, R.L. / Humblet, C.C. / Lunney, E.A. / Cooper, J.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity. 著者: Cronin, N.B. / Badasso, M.O. / J Tickle, I. / Dreyer, T. / Hoover, D.J. / Rosati, R.L. / Humblet, C.C. / Lunney, E.A. / Cooper, J.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: The Three-dimensional Structure at 2.4 A Resolution of Glycosylated Proteinase A from the Lysosome-like Vacuole of Saccharomyces cerevisiae 著者: Aguilar, C.F. / Cronin, N.B. / Badasso, M. / Dreyer, T. / Newman, M.P. / Cooper, J.B. / Hoover, D.J. / Wood, S.P. / Johnson, M.S. / Blundell, T.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fq6.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fq6.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fq6_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fq6_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1fq6_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fq6_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/1fq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/1fq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35774.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07267, saccharopepsin |
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#2: 多糖 | alpha-L-gulopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-L-gulopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-0QF / |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | DIOL MOIETY SPANNING P1-P1' INHIBITOR SITES (ACDMH - (2S,3R,4S) 2-AMINO-1CYCLOHEXYL-3,4-DIHYDROXY-6- ...DIOL MOIETY SPANNING P1-P1' INHIBITOR SITES (ACDMH - (2S,3R,4S) 2-AMINO-1CYCLOHEXYL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 6000, Sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→15.6 Å / Num. all: 19352 / Num. obs: 12831 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
反射 | *PLUS 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 63513 / Rmerge(I) obs: 0.154 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.1 % / Rmerge(I) obs: 0.812 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→15.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15.6 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15.6 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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