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- PDB-3b0u: tRNA-dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b0u
タイトルtRNA-dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus in complex with tRNA fragment
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
  • tRNA-dihydrouridine synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE/RNA / Tim barrel / OXIDOREDUCTASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine20a synthase activity / tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1460 / tRNA-dihydrouridine(20/20a) synthase / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1460 / tRNA-dihydrouridine(20/20a) synthase / tRNA-dihydrouridine synthase / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RNA / tRNA-dihydrouridine(20/20a) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.948 Å
データ登録者Yu, F. / Tanaka, Y. / Yamashita, K. / Nakamura, A. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
著者: Yu, F. / Tanaka, Y. / Yamashita, K. / Suzuki, T. / Nakamura, A. / Hirano, N. / Suzuki, T. / Yao, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
X: tRNA-dihydrouridine synthase
Y: tRNA-dihydrouridine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6946
ポリマ－81,7814
非ポリマー9132
水7,530418
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
X: tRNA-dihydrouridine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3473
ポリマ－40,8912
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
2
B: RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
Y: tRNA-dihydrouridine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3473
ポリマ－40,8912
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.643, 126.643, 112.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-524-

HOH

21Y-528-

HOH

31Y-529-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')


分子量: 1282.842 Da / 分子数: 2 / 断片: tRNA fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8
解説: the full length tRNA was transcripted in E. coli expression system and after binding to protein the RNA was processed by RNase
プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
#2: タンパク質 tRNA-dihydrouridine synthase


分子量: 39607.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHA0016 / プラスミド: CDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SMC7
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, PEG 12000, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→19.798 Å / Num. all: 49091 / Num. obs: 49091 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.055.60.5820.5283.54000971320.2450.5820.5283.598.6
2.05-2.185.70.3710.3375.53869467680.1550.3710.3375.5100
2.18-2.335.70.2370.2158.43689364370.0990.2370.2158.4100
2.33-2.525.80.1610.14711.63408059200.0670.1610.14711.6100
2.52-2.765.80.1080.09815.93170254840.0450.1080.09815.9100
2.76-3.085.80.070.06421.42882049730.0290.070.06421.4100
3.08-3.565.80.0450.04131.62518343410.0190.0450.04131.6100
3.56-4.365.80.0330.0343.92154237100.0140.0330.0343.9100
4.36-6.165.80.0280.02550.71633928320.0120.0280.02550.7100
6.16-19.7985.60.0280.02554.1830614940.0120.0280.02554.195.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev_708精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B0P

3b0p


解像度: 1.948→19.798 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8069 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 2157 4.4 %RANDOM
Rwork0.1806 ---
obs0.1823 49073 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.608 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 126.02 Å2 / Biso mean: 31.6774 Å2 / Biso min: 10.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8948 Å20 Å20 Å2
2---2.8948 Å20 Å2
3---5.7895 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.948→19.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 170 62 418 5618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6837258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9652090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9484-1.99370.27471360.22333054319097
1.9937-2.04350.2921440.220731493293100
2.0435-2.09870.24861380.220531443282100
2.0987-2.16040.24371530.194430963249100
2.1604-2.230.23111440.193931763320100
2.23-2.30960.2031420.1831093251100
2.3096-2.4020.27541490.185831263275100
2.402-2.51110.21611380.184231183256100
2.5111-2.64320.25771540.178631463300100
2.6432-2.80830.23051380.184231363274100
2.8083-3.02450.22381450.181531493294100
3.0245-3.32750.19791480.187631303278100
3.3275-3.80610.21651420.174231343276100
3.8061-4.78410.19991450.155231353280100
4.7841-19.7990.18791410.17333114325599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23220.6960.22230.90040.1962.01190.1491-0.1094-0.22250.0924-0.01460.07810.2026-0.1882-0.12150.1661-0.023-0.03690.20090.00570.1703-28.1969-19.54626.2713
20.9337-0.0955-0.10941.8940.13771.84020.0628-0.2977-0.03620.4243-0.00150.41420.229-0.4224-0.06590.2428-0.05210.03460.2780.05690.1567-27.334-16.678640.4193
31.55340.1222-0.17121.05280.07380.88310.0214-0.17910.06020.223-0.0094-0.098-0.0115-0.0631-0.02390.182-0.0111-0.00710.1566-0.00340.0955-15.4019-6.145634.5724
41.89310.3270.61911.43320.22412.26760.12890.2616-0.0187-0.240.031-0.13470.0088-0.0006-0.13850.1647-0.01450.01030.1585-0.00890.0946-14.0148-11.118820.6951
51.7162-0.58620.1111.04450.00131.02420.14650.3451-0.2075-0.1537-0.0948-0.05860.07580.1112-0.05890.15750.026-0.01350.2389-0.03970.1097-23.1819-18.425715.4361
61.79760.39410.09621.36230.04372.3620.16050.1102-0.2993-0.132-0.07360.32850.1686-0.4238-0.07520.1433-0.0385-0.07440.3275-0.01180.2579-43.818-21.773116.117
71.264-0.2265-0.08830.9540.20131.5954-0.03060.04640.02850.06760.0587-0.2530.06950.0867-0.04210.15870.0242-0.00810.2-0.02840.2877-32.376521.929611.8925
82.3757-0.0847-0.21871.87360.08251.67770.0675-0.342-0.07360.41860.0082-0.2550.15370.2-0.04790.21910.0198-0.07570.190.01490.2151-35.2921.131825.998
91.5685-0.34840.08791.6121-0.36550.8785-0.0086-0.26150.08610.23250.05170.16180.0095-0.066-0.05160.16160.0010.02650.1873-0.01230.2048-48.895726.806323.3772
101.9567-0.3872-0.5881.42780.41410.93070.05520.29590.1189-0.242-0.0413-0.0729-0.0451-0.0971-0.00930.15320.01080.00340.19340.02170.1853-44.03526.85955.3888
111.0739-0.7181-0.14591.4297-0.1761.89230.0760.24560.01-0.1948-0.0018-0.57590.27420.35140.02450.21060.0780.03910.2567-0.13140.4754-22.72849.50051.6668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'X' and (resseq 2:38)X2 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'X' and (resseq 39:110)X39 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resseq 111:194)X111 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resseq 195:217)X195 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resseq 218:250)X218 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resseq 251:313)X251 - 313
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Y' and (resseq 2:38)Y2 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Y' and (resseq 39:110)Y39 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Y' and (resseq 111:175)Y111 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Y' and (resseq 176:250)Y176 - 250
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Y' and (resseq 251:313)Y251 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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