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Yorodumi- PDB-3b0u: tRNA-dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus in complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b0u | ||||||
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Title | tRNA-dihydrouridine synthase from Thermus thermophilus in complex with tRNA fragment | ||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE/RNA / Tim barrel / OXIDOREDUCTASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA-dihydrouridine20a synthase activity / tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-CH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.948 Å | ||||||
Authors | Yu, F. / Tanaka, Y. / Yamashita, K. / Nakamura, A. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA Authors: Yu, F. / Tanaka, Y. / Yamashita, K. / Suzuki, T. / Nakamura, A. / Hirano, N. / Suzuki, T. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3b0u.cif.gz | 275.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3b0u.ent.gz | 221.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3b0u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3b0u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3b0u_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 3b0u_validation.xml.gz | 29.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3b0u_validation.cif.gz | 43 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3b0pSC 3b0vC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 1282.842 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: tRNA fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 Description: the full length tRNA was transcripted in E. coli expression system and after binding to protein the RNA was processed by RNase Plasmid: pUC19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) #2: Protein | Mass: 39607.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: TTHA0016 / Plasmid: CDFDuet-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: Q5SMC7 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.15 % / Mosaicity: 0 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: HEPES, PEG 12000, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.948→19.798 Å / Num. all: 49091 / Num. obs: 49091 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.7 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3B0P Resolution: 1.948→19.798 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8069 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.97 / Phase error: 25.83 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.608 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.02 Å2 / Biso mean: 31.6774 Å2 / Biso min: 10.75 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.948→19.798 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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