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- PDB-1fd7: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER WITH BOUND LIGAND BMSC001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fd7
タイトルHEAT-LABILE ENTEROTOXIN B-PENTAMER WITH BOUND LIGAND BMSC001
要素HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
キーワードTOXIN / enterotoxin / receptor / ligand / B-pentamer
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-BENZYL-3-(ALPHA-D-GALACTOS-1-YL)-BENZAMIDE / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fan, E. / Merritt, E.A. / Pickens, J. / Ahn, M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Exploration of the GM1 receptor-binding site of heat-labile enterotoxin and cholera toxin by phenyl-ring-containing galactose derivatives.
著者: Fan, E. / Merritt, E.A. / Zhang, Z. / Pickens, J.C. / Roach, C. / Ahn, M. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,96920
ポリマ－118,07510
非ポリマー3,89410
水15,421856
1
D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
G: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
H: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,98510
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,9475
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16690 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20580 Å2
手法PISA
2
L: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
M: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
N: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
O: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
P: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,98510
ポリマ－59,0385
非ポリマー1,9475
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.761, 157.538, 63.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN


分子量: 11807.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PROFIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P32890
#2: 化合物
ChemComp-AI1 / N-BENZYL-3-(ALPHA-D-GALACTOS-1-YL)-BENZAMIDE / N-BENZYL-3-(3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-BENZAMIDE / BMSC001 / 3-BENZYLAMINOCARBONYLPHENYL-ALPHA-D-GALACTOSIDE / BAPG


分子量: 389.399 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23NO7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 5000, NaCl, Tris/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
32 mMBAPG1drop
450 mM1reservoirNaCl
5100 mMTris-HCl1reservoir
630 %(w/v)PEG50001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 79747 / Num. obs: 79747 / % possible obs: 81.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Num. unique all: 6180 / % possible all: 75.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 1.8→20 Å / SU B: 3.174 / SU ML: 0.1 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3960 -RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.187 75687 --
obs-75687 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 297 856 9393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6441
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.0151.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.9222
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.6943
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.915
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor13.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1320.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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