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- PDB-1fd0: ISOTYPE SELECTIVITY OF THE HUMAN RETINOIC ACID NUCLEAR RECEPTOR H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fd0
タイトルISOTYPE SELECTIVITY OF THE HUMAN RETINOIC ACID NUCLEAR RECEPTOR HRAR: THE COMPLEX WITH THE RARGAMMA-SELECTIVE RETINOID SR11254
要素RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA-1
キーワードGENE REGULATION / isotype selectivity / retinoid ligand complexes / drug design / antiparallel alpha-helical sandwich fold / CH...O hydrogen bond / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis ...regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / anterior/posterior pattern specification / Signaling by Retinoic Acid / regulation of myelination / regulation of cell size / face development / response to retinoic acid / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / stem cell proliferation / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / multicellular organism growth / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-254 / Retinoic acid receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Klaholz, B.P. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: C-H...O hydrogen bonds in the nuclear receptor RARgamma--a potential tool for drug selectivity.
著者: Klaholz, B. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Enantiomer discrimination illustrated by high-resolution crystal structures of the human nuclear receptor hRARgamma.
著者: Klaholz, B.P. / Mitschler, A. / Belema, M. / Zusi, C. / Moras, D.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Conformational adaptation of agonists to the human nuclear receptor hRARgamma.
著者: Klaholz, B.P. / Renaud, J.-P. / Mitschler, A. / Zusi, C. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the RARgamma ligand-binding domain bound to all-trans retinoic acid.
著者: Renaud, J.-P. / Rochel, N. / Vivat, V. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4473
ポリマ－26,5351
非ポリマー9122
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.789, 59.789, 155.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA-1 / RAR-GAMMA-1


分子量: 26535.070 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH SR11254, RESIDUE 254 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13631
#2: 化合物 ChemComp-254 / 6-[HYDROXYIMINO-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-NAPHTALEN-2-YL)-METHYL]-NAPHTALENE-2-CARBOXYLIC ACID / SR11254


分子量: 401.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27NO3
#3: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MPIPES1reservoirpH7.0
20.3 M1reservoirNaOAc
33.7 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→20 Å / Num. all: 59004 / Num. obs: 59004 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.38→1.41 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3852 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 291021 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FCY

1fcy


解像度: 1.38→6 Å / Num. parameters: 21188 / Num. restraintsaints: 26389 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 2.4%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 2910 5 %random
Rwork0.13 ---
all0.131 58146 --
obs0.131 55236 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 1935 / Occupancy sum non hydrogen: 2200.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 76 331 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_torsion_impr_deg2.07
X-RAY DIFFRACTIONs_torsion_deg26.38
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0249
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.073
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.093
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.131 / Rfactor Rfree: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.13
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.387
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg26.381
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg2.071

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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