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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eve | |||||||||
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タイトル | THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE ANTI-ALZHEIMER DRUG, E2020 (ARICEPT), COMPLEXED WITH ITS TARGET ACETYLCHOLINESTERASE | |||||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | |||||||||
キーワード | SERINE HYDROLASE / ALZHEIMER'S DISEASE (アルツハイマー病) / DRUG (薬物) / ALPHA/BETA HYDROLASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / CATALYTIC TRIAD (触媒三残基) / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / シナプス / extracellular space / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Torpedo californica (ゴマフシビレエイ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kryger, G. / Silman, I. / Sussman, J.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Structure of acetylcholinesterase complexed with E2020 (Aricept): implications for the design of new anti-Alzheimer drugs. 著者: Kryger, G. / Silman, I. / Sussman, J.L. #1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: The Rationale for E2020 as a Potent Acetylcholinesterase Inhibitor 著者: Kawakami, Y. / Inoue, A. / Kawai, T. / Wakita, M. / Sugimoto, H. / Hopfinger, A.J. #2: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I. | |||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX THE ENZYME IS A GPI-ANCHORED DIMER, THE TWO MONOMERS IN THE DIMER ARE RELATED BY ...HELIX THE ENZYME IS A GPI-ANCHORED DIMER, THE TWO MONOMERS IN THE DIMER ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY AND GENERATE A FOUR HELIX BUNDLE A365-A375 AND A518-A535. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eve.cif.gz | 127 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eve.ent.gz | 101.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1eve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/1eve | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2aceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | TORPEDO CALIFORNICA ACETYLCHOLINESTERASE IS A G2 DIMER IN SOLUTION (SEE SUSSMAN 1988). THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A MONOMER, WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATING THE TWO MONOMERS IN A DIMER. THIS STRUCTURE IS MORE COMPLETE THAN THE STARTING MODEL OF THE NATIVE STRUCTURE (PDB ID 2ACE). RESIDUES THAT ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE DUE TO DISORDER INCLUDE THE N-TERMINAL RESIDUE ASP 1 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR 535. THR 535 IS THE LAST RESIDUE OBSERVED AT THE C-TERMINUS. THE LIGAND SEEN IN THE STRUCTURE, E2020 (DONEPEZIL, ARICEPT), IS A POTENT REVERSIBLE ACHE INHIBITOR WHICH IS AN FDA APPROVED DRUG FOR THE SYMPTOMATIC TREATMENT OF ALZHEIMER'S DISEASE (SEE KAWAKAMI 1996). THE CHIRAL INHIBITOR WAS SOAKED AS A RACEMATE BUT ONLY THE R FORM SEEMS TO BIND TO THE ENZYME ACCORDING TO THE X-RAY DIFFRACTION EXPERIMENT. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Torpedo californica (ゴマフシビレエイ) 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase | ||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 糖 | #4: 化合物 | ChemComp-E20 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 34266 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rsym value: 0.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.252 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ACE 解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.286 |