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- PDB-1efd: PERIPLASMIC FERRIC SIDEROPHORE BINDING PROTEIN FHUD COMPLEXED WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1efd
タイトルPERIPLASMIC FERRIC SIDEROPHORE BINDING PROTEIN FHUD COMPLEXED WITH GALLICHROME
要素FERRICHROME-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN
キーワードMETAL TRANSPORT / periplasmic binding protein-siderophore complex / FhuD complex with gallichrome / Escherichia coli / ferric siderophore binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion import across plasma membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GALLICHROME / Iron(3+)-hydroxamate-binding protein FhuD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Clarke, T.E. / Ku, S.-Y. / Dougan, D.R. / Vogel, H.J. / Tari, L.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The structure of the ferric siderophore binding protein FhuD complexed with gallichrome.
著者: Clarke, T.E. / Ku, S.Y. / Dougan, D.R. / Vogel, H.J. / Tari, L.W.
履歴
登録2000年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: FERRICHROME-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4652
ポリマ－29,6801
非ポリマー7841
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.54, 86.54, 91.77
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 FERRICHROME-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN


分子量: 29680.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07822
#2: 化合物 ChemComp-GCR / GALLICHROME


分子量: 784.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44GaN9O13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.6 M Na/K phosphate, 100 mM HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
20.8 Msodium potassium phosphate1drop
30.1 MHEPES1drop
41.6 Msodium potassium phosphate1reservoir
50.2 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11381
21381
31381
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X8C11.19387
シンクロトロンNSLS X8C21.19302
シンクロトロンNSLS X8C31.17098
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.193871
21.193021
31.170981
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 60580 / Num. obs: 55765 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 1.9→30 Å / 冗長度: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Num. unique all: 54718 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: CHARM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 2612 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all-54718 --
obs-52106 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 0 49 114 2183
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.218 / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.453
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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