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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ec8 | ||||||
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タイトル | E. COLI GLUCARATE DEHYDRATASE BOUND TO PRODUCT 2,3-DIHYDROXY-5-OXO-HEXANEDIOATE | ||||||
要素 | GLUCARATE DEHYDRATASE | ||||||
キーワード | LYASE / Glucarate Dehydratase Enolase Enzyme Superfamily TIM Barrel (beta/alpha)7beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: crystallographic and mutagenesis studies of the reaction catalyzed by D-glucarate dehydratase from Escherichia coli. 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Evolution of Enzymative Activities in the Enolase Superfamily: Crystal Structure of (D)-glucarate Dehydratase from Pseudomonas putida 著者: Gulick, A.M. / Palmer, D.R. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ec8.cif.gz | 373.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ec8.ent.gz | 299.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ec8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ec8_validation.pdf.gz | 486.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ec8_full_validation.pdf.gz | 546.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ec8_validation.xml.gz | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ec8_validation.cif.gz | 116.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ec8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ec8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49196.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P76637, UniProt: P0AES2*PLUS, glucarate dehydratase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GLR / #4: 化合物 | ChemComp-IPA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 1:1 mixture of protein and 14 % PEG5000 Monomethylether 75 mM MgCl2 5 % isopropanol 50 mM Hepps , pH 8.0, microbatch, temperature 4.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 |
検出器 | タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 675032 / Num. obs: 656955 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Num. unique all: 21149 / % possible all: 93.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 152351 / % possible obs: 96.2 % / Num. measured all: 675032 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TNT Least squares refinement
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.196 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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