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- PDB-1ec8: E. COLI GLUCARATE DEHYDRATASE BOUND TO PRODUCT 2,3-DIHYDROXY-5-OX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ec8
タイトルE. COLI GLUCARATE DEHYDRATASE BOUND TO PRODUCT 2,3-DIHYDROXY-5-OXO-HEXANEDIOATE
要素GLUCARATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / Glucarate Dehydratase Enolase Enzyme Superfamily TIM Barrel (beta/alpha)7beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / glucarate dehydratase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Glucarate dehydratase / D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-5-OXO-HEXANEDIOATE / ISOPROPYL ALCOHOL / Glucarate dehydratase / Glucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: crystallographic and mutagenesis studies of the reaction catalyzed by D-glucarate dehydratase from Escherichia coli.
著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Evolution of Enzymative Activities in the Enolase Superfamily: Crystal Structure of (D)-glucarate Dehydratase from Pseudomonas putida
著者: Gulick, A.M. / Palmer, D.R. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I.
履歴
登録2000年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.42018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCARATE DEHYDRATASE
B: GLUCARATE DEHYDRATASE
C: GLUCARATE DEHYDRATASE
D: GLUCARATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,88516
ポリマ－196,7874
非ポリマー1,09812
水22,2311234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.090, 84.606, 98.858
Angle α, β, γ (deg.)103.42, 93.99, 113.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GLUCARATE DEHYDRATASE


分子量: 49196.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P76637, UniProt: P0AES2*PLUS, glucarate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 詳細: Nitric acid oxidation of D-glucarate
#3: 化合物
ChemComp-GLR / 2,3-DIHYDROXY-5-OXO-HEXANEDIOATE


分子量: 190.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O7
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 1:1 mixture of protein and 14 % PEG5000 Monomethylether 75 mM MgCl2 5 % isopropanol 50 mM Hepps , pH 8.0, microbatch, temperature 4.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 %PEG5000 ME11
275 mM11MgCl2
35 %2-propanol11
450 mMHEPPES11

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 675032 / Num. obs: 656955 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Num. unique all: 21149 / % possible all: 93.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 152351 / % possible obs: 96.2 % / Num. measured all: 675032 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TNT Least squares refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.196 ---
all0.196 162484 --
obs0.196 153612 95 %-
Rfree---R-free was not used in refinement
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13637 0 56 1250 14943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.07
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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