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万見
- PDB-1e80: Endothiapepsin complex with renin inhibitor MERCK-KGAA-EMD56133 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+80
タイトルEndothiapepsin complex with renin inhibitor MERCK-KGAA-EMD56133
要素ENDOTHIAPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MERCK-KGAA-EMD56133 / Chem-0GQ / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種ENDOTHIA PARASITICA (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Read, J.A. / Cooper, J.B. / Toldo, L. / Rippmann, F. / Raddatz, P.
引用ジャーナル: Ph D Thesis / 年: 1999
タイトル: Refinement of Four Endothiapepsin Inhibitor Complexes. Crystallographic Studies of Cytochrome Ch from Methylobacterium Extorquens and Inhibitor Complexes of Aspartic Proteinases.
著者: Read, J.A.
履歴
登録2000年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ENDOTHIAPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6072
ポリマ－33,8141
非ポリマー7931
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.210, 74.710, 46.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOTHIAPEPSIN


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENDOTHIA PARASITICA (菌類) / 参照: UniProt: P11838, mucorpepsin
#2: 化合物 ChemComp-0GQ / 4-amino-N-{(1R,8R,9R,13R)-16-(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)-1-benzyl-8-(cyclohexylmethyl)-9-hydroxy-13-[(1S)-1-methylpropyl]-2,6,11,14-tetraoxo-3,7,12,15-tetraazahexadec-1-yl}piperidine-1-carboxamide / N-(4-アミノピペリジノカルボニル)-L-Phe-βAla-[(3S,4S)-4-(シクロヘキシルメチル)-3-ヒド(以下略)


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 793.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H64N10O6 / 参照: MERCK-KGAA-EMD56133
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS OF PROTEINS WITH BROAD SPECIFICITY SIMILAR TO THAT OF PEPSIN A, ...CATALYTIC ACTIVITY: HYDROLYSIS OF PROTEINS WITH BROAD SPECIFICITY SIMILAR TO THAT OF PEPSIN A, PREFERRING HYDROPHOBIC RESIDUES AT AND P1', BUT DOES NOT CLEAVE 14-ALA-|-LEU-15 IN THE B CHAIN OF INSULIN OR Z-GLU-TYR. CLOTS MILK. SIMILARITY: BELONGS TO PEPTIDASE FAMILY A1; ALSO KNOWN AS THE EUKARYOTIC ASPARTYL PROTEASES FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化pH: 5
詳細: BATCH METHOD PROTEIN: 10MG/ML, 50 MM AMMONIUM ACETATE PH 5.0, ~2.2 M AMMONIUM SULPHATE, 1% ACETONE. INHIBITOR WAS ADDED IN A 10:1 STOICHIOMETRIC RATIO.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 21735 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4APE

4ape


解像度: 2.05→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 -5 %
Rwork0.186 --
obs-21735 93.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 57 166 2612

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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