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- PDB-1dzp: Porcine Odorant Binding Protein Complexed with diphenylmethanone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dzp
タイトルPorcine Odorant Binding Protein Complexed with diphenylmethanone
要素ODORANT-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ODORANT BINDING PROTEIN / LIPOCALINS
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / :
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHENYLMETHANONE / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Vincent, F. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Complexes of Porcine Odorant Binding Protein with Odorant Molecules Belonging to Different Chemical Classes
著者: Vincent, F. / Spinelli, S. / Ramoni, R. / Grolli, S. / Pelosi, P. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
履歴
登録2000年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8074
ポリマ－35,4432
非ポリマー3642
水5,080282
1
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9042
ポリマ－17,7211
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9042
ポリマ－17,7211
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.076, 88.287, 93.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.16339, -0.16597, 0.9725), (-0.15166, 0.9698, 0.19099), (-0.97483, -0.1787, 0.13329)
ベクター: -24.40156, 18.68203, 22.19407)

-
要素

#1: タンパク質 ODORANT-BINDING PROTEIN / OBP


分子量: 17721.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: NOSE / 組織: OLFACTORY EPITHELIUM / 参照: UniProt: P81245
#2: 化合物 ChemComp-BZQ / DIPHENYLMETHANONE / BENZENE, BENZOYL- / BENZOPHENONE (8CI) / BENZOYLBENZENE / DIPHENYL KETONE / KETONE, DIPHENYL / METHANONE, DIPHENYL- (9CI) / PHENYL KETONE / WLN: RVR / ベンゾフェノン


分子量: 182.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, AND 5% ISOPROPANOL, pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
35 %(v/v)iso-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→15 Å / Num. obs: 30761 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.357 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.151

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.83→8 Å / SU B: 3.14 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.144
詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES ...詳細: N-TERMINUS FROM RESIDUE 1 TO 8, IN SUBUNIT A AND 1 - 10 IN SUBUNIT B, ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, DUE TO FLEXIBILITY. ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES 19A, 39A, 57A, 79A, 87 A, 95A, 98A, 114A, 129A, 133A, 147 A, 19B, 52B, 53B, 77 B, 89 B, 114B, 143B. THE ATOMS CONCERNED HAVE OCCUPANCY BETWEEN 0.0 AND 1.0 AND A SEGID AC1 AND AC2 OFTEN, OCCUPANCY VALUES LOWER THAN 1.0 APPEARED TO JUSTIFY BETTER THE ELECTRON DENSITY. FOR THIS REASON WE HAVE KEPT THIS LOW OCCUPANCY FOR SEVERAL SIDE CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1541 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs-30732 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 28 282 2650
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5822
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1782.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.863
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.6824.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1910.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2670.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.12
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor15.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 28896 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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