[日本語] English
万見
- PDB-5mvr: Crystal structure of Bacillus subtilus YdiB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mvr
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilus YdiB
要素tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
キーワードTRANSFERASE / kinase / ADP / phosphorylation
機能・相同性tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Jault, J.-M. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Expanding the Kinome World: A New Protein Kinase Family Widely Conserved in Bacteria.
著者: Nguyen, H.A. / El Khoury, T. / Guiral, S. / Laaberki, M.H. / Candusso, M.P. / Galisson, F. / Foucher, A.E. / Kesraoui, S. / Ballut, L. / Vallet, S. / Orelle, C. / Zucchini, L. / Martin, J. / ...著者: Nguyen, H.A. / El Khoury, T. / Guiral, S. / Laaberki, M.H. / Candusso, M.P. / Galisson, F. / Foucher, A.E. / Kesraoui, S. / Ballut, L. / Vallet, S. / Orelle, C. / Zucchini, L. / Martin, J. / Page, A. / Attieh, J. / Aghajari, N. / Grangeasse, C. / Jault, J.M.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9466
ポリマ－18,3091
非ポリマー6385
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.590, 59.820, 39.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE


分子量: 18308.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain break from residue 59-62 (incl.) and 85-90 (incl.) due to missing electron density. The three C-ter residues are lacking in the structure due to missing electron density. The four ...詳細: Chain break from residue 59-62 (incl.) and 85-90 (incl.) due to missing electron density. The three C-ter residues are lacking in the structure due to missing electron density. The four initial N-ter residues come from the His-Tag. Mismatch is due to ADP aligning with C-ter residues
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tsaE, ydiB, BSU05910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O05515
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 42 % PEG600 and 200 mM Imidazole malate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→43.84 Å / Num. obs: 14655 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 16.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HTW

1htw


解像度: 1.762→43.835 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 708 4.83 %
Rwork0.1802 --
obs0.1816 14651 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.762→43.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1161 0 40 57 1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2271669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.29731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7617-1.89770.31071470.27162674X-RAY DIFFRACTION95
1.8977-2.08870.23541410.20192787X-RAY DIFFRACTION99
2.0887-2.39090.21591280.18132820X-RAY DIFFRACTION99
2.3909-3.01220.22291490.19662813X-RAY DIFFRACTION100
3.0122-43.84820.19011430.16382849X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1199 Å / Origin y: 3.1225 Å / Origin z: 49.5559 Å
111213212223313233
T0.2082 Å20.0166 Å2-0.0001 Å2-0.2395 Å2-0.03 Å2--0.2398 Å2
L4.3913 °20.297 °2-0.4006 °2-3.5861 °20.2898 °2--4.2506 °2
S0.0019 Å °0.2468 Å °-0.0146 Å °-0.1373 Å °-0.2538 Å °-0.0135 Å °0.0518 Å °-0.3902 Å °0.1993 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る