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- PDB-1dxr: Photosynthetic reaction center from Rhodopseudomonas viridis - Hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxr
タイトルPhotosynthetic reaction center from Rhodopseudomonas viridis - His L168 Phe mutant (terbutryn complex)
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ...) x 4
キーワードPHOTOSYNTHESIS / SECONDARY QUINONE (QB) / TRIAZINE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / : / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / MENAQUINONE-9 / Chem-MST / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lancaster, C.R.D. / Bibikova, M. / Sabatino, P. / Oesterhelt, D. / Michel, H.
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of the drastically increased initial electron transfer rate in the reaction center from a Rhodopseudomonas viridis mutant described at 2.00-A resolution.
著者: Lancaster, C.R. / Bibikova, M.V. / Sabatino, P. / Oesterhelt, D. / Michel, H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Refined Crystal Structures of Reaction Centres from Rhodopseudomonas Viridis in Complexes with the Herbicide Atrazine and Two Chiral Atrazine Derivatives Also Lead to a New Model of the Bound Carotenoid
著者: Lancaster, C.R. / Michel, H.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1998
タイトル: Ubiquinone Reduction and Protonation in the Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis: X-Ray Structures and Their Functional Implications
著者: Lancaster, C.R.D.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Coupling of Light-Induced Electron Transfer and Proton Uptake as Derived from Crystal Structures of Reaction Centres from Rhodopseudomonas Viridis Modified at the Binding Site of ...タイトル: The Coupling of Light-Induced Electron Transfer and Proton Uptake as Derived from Crystal Structures of Reaction Centres from Rhodopseudomonas Viridis Modified at the Binding Site of the Secondary Quinone, Qb
著者: Lancaster, C.R. / Michel, H.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystallographic Refinement at 2.3 A Resolution and Refined Model of the Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Sinning, I. / Michel, H.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: The Photosynthetic Reaction Center from the Purple Bacterium Rhodopseudomonas Viridis
著者: Deisenhofer, J. / Michel, H.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of the Protein Subunits in the Photosynthetic Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis at 3 Angstroms Resolution
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: X-Ray Structure Analysis of a Membrane Protein Complex. Electron Density Map at 3 A Resolution and a Model of the Chromophores of the Photosynthetic Reaction Center from Rhodopseudomonas Viridis
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Three-Dimensional Crystals of a Membrane Protein Complex. The Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis
著者: Michel, H.
履歴
登録2000年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年2月8日Group: Other
改定 1.32014年9月3日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42018年11月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method
改定 1.52023年12月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER CYTOCHROME C SUBUNIT
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,68928
ポリマ－132,4194
非ポリマー11,27024
水10,539585
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50790 Å2
ΔGint-423.7 kcal/mol
Surface area41010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.500, 223.500, 113.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER ... , 4種, 4分子 CHLM

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER CYTOCHROME C SUBUNIT


分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P07173
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER H SUBUNIT


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P06008
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER L SUBUNIT


分子量: 30478.131 Da / 分子数: 1 / Mutation: H168F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア)
発現宿主: RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#4: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER M SUBUNIT


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (バクテリア) / 細胞内の位置: INTRACYTOPLASMIC MEMBRANE (ICM) / 参照: UniProt: P06010

-
非ポリマー , 10種, 609分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#9: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#10: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#12: 化合物 ChemComp-MST / 2-T-BUTYLAMINO-4-ETHYLAMINO-6-METHYLTHIO-S-TRIAZINE


分子量: 241.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19N5S
#13: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Michel, H., (1982) J.Mol.Biol., 158, 567.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 Mammonium sulfate1drop
20.050 mMterbutryn1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.07
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. obs: 187940 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6PRC

6prc


解像度: 2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0027 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: N(OBS)/N(PAR) = 4.44 LYS C 332 IS PARTIALLY DISORDERED. RESIDUES C 333 - C 336 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2490 -THIN SHELLS
Rwork0.194 ---
obs0.194 186255 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9343 0 797 585 10725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.359
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.09
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX_TEST.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.IONTOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX_IUB.RCVTOPHCSDX_IUB.RCV
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19.SOL, PARHCSDX.TRZTOPH19.SOL, TOPHCSDX.TRZ
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.09
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.03 Å / Rfactor Rfree: 0.299 / Num. reflection Rfree: 2490 / Rfactor obs: 0.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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