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- PDB-1dil: SIALIDASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM COMPLEXED WITH APANA AND EP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dil
タイトルSIALIDASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM COMPLEXED WITH APANA AND EPANA INHIBITORS
要素SIALIDASE
キーワードGLYCOSIDASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AXP / Chem-EQP / : / Sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Garman, E.F. / Crennell, S.C. / Vimr, E.R. / Laver, W.G. / Taylor, G.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The structures of Salmonella typhimurium LT2 neuraminidase and its complexes with three inhibitors at high resolution.
著者: Crennell, S.J. / Garman, E.F. / Philippon, C. / Vasella, A. / Laver, W.G. / Vimr, E.R. / Taylor, G.L.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Sialidase (from Salmonella Typhimurium Lt2) Shows the Same Fold as an Influenza Virus Neuraminidase
著者: Crennell, S.J. / Garman, E.F. / Laver, W.G. / Vimr, E.R. / Taylor, G.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Study of Neuraminidase from Vibrio Cholerae and Salmonella Typhimurium Lt2
著者: Taylor, G. / Vimr, E. / Garman, E. / Laver, G.
#3: ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 1990
タイトル: Phosphonic-Acid Analogues of the N-Acetyl-2-Deoxyneuraminic Acids: Synthesis and Inhibition of Vibrio Cholerae Sialidase
著者: Wallimann, K. / Vasella, A.
履歴
登録1996年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_xplor_file / refine / refine_hist / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_alt_id / _chem_comp.name ..._atom_site.label_alt_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine.details / _refine.ls_d_res_low / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine_hist.d_res_low / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIALIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6894
ポリマ－41,9921
非ポリマー6983
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.400, 82.300, 91.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SIALIDASE


分子量: 41991.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 解説: RESIDUE MET 1 WAS EXCISED BY ESCHERICHIA COLI / 遺伝子: NANH / Variant: TA263, PROTOTROPH / プラスミド: PSX62 / 遺伝子 (発現宿主): NANH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-EQP / (1R)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol / (4-ACETAMIDO-2,4-DIDEOXY-D-GLYCERO-ALPHA-D-GALACTO-1-OCTOPYRANOSYL)PHOSPHONIC ACID / 4-アセチルアミノ-2,4-ジデオキシ-α-D-glycero-D-galacto-オクトピラノシルホスホン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H20NO9P
#3: 糖 ChemComp-AXP / (1S)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol / 4-ACETAMIDO-2,4-DIDEXOY-D-GLYCERO-BETA-D-GALACTO-OCTOPYRANOSYLPHOSPHONIC ACID (AN AXIAL PHOSPHONATE) / (4-アセチルアミノ-2,4-ジデオキシ-β-D-glycero-D-galacto-オクトピラノシル)ホスホン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H20NO9P
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlneuraminidase1drop
21.9 Mpotassium phosphate1reservoir
32.1 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月17日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 27890 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 100231
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE MAP
開始モデル: PDB ENTRY 2SIM

2sim


解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 0
詳細: OCCUPANCY OF AXIAL PHOSPHONATE (APANA) 0.6. OCCUPANCY OF EQUATORIAL PHOSPHONATE ANOMER (EPANA) 0.4. 5% IMPURITY OF EPANA IN APANA, BUT KI OF EPANA SMALLER THAN FOR APANA, SO A LARGER ...詳細: OCCUPANCY OF AXIAL PHOSPHONATE (APANA) 0.6. OCCUPANCY OF EQUATORIAL PHOSPHONATE ANOMER (EPANA) 0.4. 5% IMPURITY OF EPANA IN APANA, BUT KI OF EPANA SMALLER THAN FOR APANA, SO A LARGER PROPORTION OF EPANA IN CRYSTAL THAN WOULD BE EXPECTED FROM IMPURITY. DETAILS OF OCCUPANCY DETERMINATION IN J.MOL.BIOL. V259 (2) 264-280 (1996).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 --
obs0.187 27455 96.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 15.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 43 226 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: STNA_APANA.PAR / Topol file: STNA_APANA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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