PDB-6trg: Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D100S)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6trg

タイトル

Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D100S)

要素

Sialidase

キーワード

HYDROLASE / Salmonella typhimurium / STNA / sialidase / neuraminidase / D100S / Native / enzyme / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Murray, J.W. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Vimr, E.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella typhimurium neuraminidase mutant (D100S)
著者: Garman, E.F. / Salinger, M.T. / Murray, J.W. / Laver, W.G. / Kuhn, P. / Vimr, E.R.

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6trg.cif.gz	310.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6trg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6trg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6trg_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6trg_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	6trg_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6trg_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/6trg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3silS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2sil-d 5u62-1 2q3o-2 4m4v-2 5dxy-d 3ays-d 2f29-2 1vcu-2 2sim-d 1rje-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

XXX: Sialidase

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.170, 81.636, 91.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sialidase / N-acylneuraminate glycohydrolase / Neuraminidase / NANase / STNA 分子量: 41763.547 Da / 分子数: 1 / 変異: D100S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 遺伝子: nanH, STM0928 / プラスミド: pSELECT-nanH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M ...詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2PO4. Then serially cryoprotected in situ to 40% glycerol (v/v with mother liquor) in 10% increments over a period of a few minutes.

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals grown by hanging drop vapour diffusion. A 1:1 mixture of 15mg/ml protein solution and an 8:4 mixture of 3.0M K2HPO4 to 1.4M KH2P04 was placed above a well of an 8:6 solution of 3.0M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→30.885 Å / Num. obs: 186230 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 6.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8956 / CC_1/2: 0.905 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
ACORN		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SIL

3sil

解像度: 1→30.885 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.983 / SU B: 0.493 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.017 / ESU R Free: 0.017 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1161	9182	4.93 %
R_work	0.1007	-	-
all	0.101	-	-
obs	-	186230	98.062 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.881 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.338 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.285 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→30.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2937	0	60	522	3519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.381	1.643	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.618	1.59	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.004	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.784	23.106	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.122	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.27	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.305	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.394	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.372	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.304	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.181	0.784	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.18	0.784	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.589	1.188	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.589	1.188	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.532	1.003	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.535	1	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.561	1.42	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.554	1.414	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.01	11.296	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.59	10.239	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.215	3	6343

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1-1.026	0.198	642	0.199	12654	X-RAY DIFFRACTION	95.3939
1.026-1.054	0.172	646	0.16	12357	X-RAY DIFFRACTION	96.1476
1.054-1.085	0.158	638	0.134	12100	X-RAY DIFFRACTION	96.4708
1.085-1.118	0.128	585	0.109	11810	X-RAY DIFFRACTION	96.7301
1.118-1.155	0.102	596	0.095	11536	X-RAY DIFFRACTION	97.1415
1.155-1.195	0.103	536	0.092	11148	X-RAY DIFFRACTION	97.5374
1.195-1.24	0.105	586	0.085	10817	X-RAY DIFFRACTION	97.5783
1.24-1.291	0.099	531	0.077	10613	X-RAY DIFFRACTION	99.9283
1.291-1.348	0.095	576	0.073	10213	X-RAY DIFFRACTION	100
1.348-1.414	0.091	502	0.068	9748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.414-1.491	0.095	476	0.068	9342	X-RAY DIFFRACTION	100
1.491-1.581	0.09	456	0.07	8855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.69	0.088	423	0.072	8301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.825	0.097	416	0.078	7746	X-RAY DIFFRACTION	100
1.825-2	0.107	391	0.088	7108	X-RAY DIFFRACTION	99.8137
2-2.235	0.111	319	0.093	6493	X-RAY DIFFRACTION	99.3727
2.235-2.581	0.122	313	0.105	5664	X-RAY DIFFRACTION	98.7771
2.581-3.161	0.119	261	0.117	4808	X-RAY DIFFRACTION	97.5183
3.161-4.467	0.123	176	0.117	3694	X-RAY DIFFRACTION	95.6737
4.467-30.885	0.179	113	0.17	2041	X-RAY DIFFRACTION	91.3486

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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