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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dgf | ||||||
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タイトル | HUMAN ERYTHROCYTE CATALASE | ||||||
要素 | CATALASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CATALASE / HEME / NADPH / HYDROGEN PEROXIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to phenylpropanoid / aminoacylase activity / catalase complex / hemoglobin metabolic process / response to inactivity / cellular detoxification of hydrogen peroxide / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / response to L-ascorbic acid / response to ozone / catalase ...response to phenylpropanoid / aminoacylase activity / catalase complex / hemoglobin metabolic process / response to inactivity / cellular detoxification of hydrogen peroxide / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / response to L-ascorbic acid / response to ozone / catalase / UV protection / response to fatty acid / response to light intensity / response to vitamin A / catalase activity / ureteric bud development / peroxisomal membrane / triglyceride metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / response to vitamin E / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to cadmium ion / cholesterol metabolic process / aerobic respiration / response to activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / Peroxisomal protein import / response to lead ion / response to insulin / response to hydrogen peroxide / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / peroxisome / response to estradiol / NADP binding / secretory granule lumen / response to ethanol / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Putnam, C.D. / Arvai, A.S. / Bourne, Y. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Active and inhibited human catalase structures: ligand and NADPH binding and catalytic mechanism. 著者: Putnam, C.D. / Arvai, A.S. / Bourne, Y. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dgf.cif.gz | 454.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dgf.ent.gz | 367.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dgf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dgf_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dgf_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dgf_validation.xml.gz | 92.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dgf_validation.cif.gz | 141.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/1dgf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56626.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 参照: UniProt: P04040, catalase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6.5 - 8.0% PEG4000, PROTEIN AT 40 MG/ML IN 50MM TRISCL, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 401102 / Num. obs: 401102 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.279 / % possible all: 82.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1131638 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.2 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: Bond Angles and Lengths to the Heme Iron from both the TYR358 ligand and the Heme Nitrogens were unconstrained
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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