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- PDB-1d3h: HUMAN DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH ANTIPROLIFERATI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d3h
タイトルHUMAN DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH ANTIPROLIFERATIVE AGENT A771726
要素DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA BARREL / MEMBRANE BINDING MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A26 / ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, S. / Neidhardt, E.A. / Grossman, T.H. / Ocain, T. / Clardy, J.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structures of human dihydroorotate dehydrogenase in complex with antiproliferative agents.
著者: Liu, S. / Neidhardt, E.A. / Grossman, T.H. / Ocain, T. / Clardy, J.
履歴
登録1999年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8946
ポリマ－39,8571
非ポリマー1,0385
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 90.610, 122.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-670-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE


分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.3.1

-
非ポリマー , 6種, 303分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-A26 / (2Z)-2-cyano-3-hydroxy-N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]but-2-enamide / ANTIPROLIFERATIVE AGENT A771726 / N-[4-(トリフルオロメチル)フェニル]-2-シアノ-3-ヒドロキシ-2-ブテンアミド


分子量: 270.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9F3N2O2 / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: ammonium sulphate, acetate buffer, glycerol, DDAO, C11DAO, A771726, orotate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
225 mM1dropC11DAO
3200 mM1dropNaCl
415 %glycerol1drop
50.5 mMEDTA1drop
625 mMHEPES1drop
70.05 Macetate1drop
810.4 mMDDAO1drop
91 mMDHO1drop
101.2-1.3 Mammonium sulfate1drop
110.5 mMA7717261drop
120.1 Macetate1reservoir
132.4-2.6 Mammonium sulfate1reservoir
1430 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9134
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9134 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.5 Å / Num. all: 55112 / Num. obs: 54515 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Num. unique all: 7943 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 99 % / Num. measured all: 264642 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
CNS0.5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 2713 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.162 53927 99 %-
all-55112 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.87 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.98 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2778 0 70 298 3146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.82.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 465 5.2 %
Rwork0.176 8495 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIGAND.PARLIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.482
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.82.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.207 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.176 / Rfactor obs: 0.176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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