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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cbs | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CELLULAR RETINOIC-ACID-BINDING PROTEINS I AND II IN COMPLEX WITH ALL-TRANS-RETINOIC ACID AND A SYNTHETIC RETINOID | ||||||
![]() | CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN TYPE II | ||||||
![]() | RETINOIC-ACID TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Jones, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of cellular retinoic acid binding proteins I and II in complex with all-trans-retinoic acid and a synthetic retinoid. 著者: Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Senn, H. / Le Motte, P. / Gsell, B. / Shudo, K. / Jones, T.A. #1: ![]() タイトル: Lipid-Binding Proteins: A Family of Fatty Acid and Retinoid Transport Proteins 著者: Banaszak, L. / Winter, N. / Xu, Z. / Bernlohr, D.A. / Cowan, S.W. / Jones, T.A. #2: ![]() タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of Recombinant Bovine Cellular Retinoic Acid-Binding Protein 著者: Bergfors, T. / Kleywegt, G.J. / Jones, T.A. #3: ![]() タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol-Binding Protein ...タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol-Binding Protein in Complex with All-Trans-Retinol 著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A. #4: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of P2 Myelin Protein 著者: Jones, T.A. / Bergfors, T. / Sedzik, J. / Unge, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 642.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 642.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15581.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-REA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 14678 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 83399 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.83 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.51 |