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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c3w | ||||||
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タイトル | BACTERIORHODOPSIN/LIPID COMPLEX AT 1.55 A RESOLUTION | ||||||
![]() | BACTERIORHODOPSIN (GROUND STATE WILD TYPE "BR") | ||||||
![]() | ION TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / SERPENTINE / MEROHEDRAL TWINNING | ||||||
機能・相同性 | ![]() photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luecke, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of bacteriorhodopsin at 1.55 A resolution. 著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Richter, H.T. / Cartailler, J.P. / Lanyi, J.K. #1: ![]() タイトル: Proton Transfer Pathways in Bacteriorhodopsin at 2.3 Angstrom Resolution 著者: Luecke, H. / Richter, H.-T. / Lanyi, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 830.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 857.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1brxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | homotrimer constructed from symmetry-related monomers |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24343.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 216 (NZ) AND RET 301 (C15) DIETHER LIPID BILAYER 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-LI1 / #3: 化合物 | ChemComp-SQU / | #4: 化合物 | ChemComp-RET / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6 詳細: MO:WATER:PHOSPHATE, pH 5.6, CUBIC LIPID PHASE, temperature 20K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: cubic lipid phase詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 372549 / Num. obs: 34002 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 372549 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1BRX 解像度: 1.55→12 Å / Num. parameters: 8300 / Num. restraintsaints: 8209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: MEROHEDRAL TWINNING RATIO OF 76:24
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELXL-97 SWAT, BABINET'S PRINCIPLE | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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