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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c1e | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A DIELS-ALDERASE CATALYTIC ANTIBODY 1E9 IN COMPLEX WITH ITS HAPTEN | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / CATALYTIC ANTIBODY / DIELS-ALDER / IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-ENH / D-MALATE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, J. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Evolution of shape complementarity and catalytic efficiency from a primordial antibody template. 著者: Xu, J. / Deng, Q. / Chen, J. / Houk, K.N. / Bartek, J. / Hilvert, D. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c1e.cif.gz | 98.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c1e.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c1e_validation.pdf.gz | 474.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c1e_full_validation.pdf.gz | 491.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c1e_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c1e_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/1c1e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23865.527 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23624.840 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 化合物 | ChemComp-MLT / |
#4: 化合物 | ChemComp-ENH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 10K, IMIDAZOLIUM MALATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: hapten and 1E9 Fab fragment were mixed in a 10:1 molar ratio | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 97.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.96 Å / Num. all: 39810 / Num. obs: 39213 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.836 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 126249 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USED
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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