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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b8o | |||||||||
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タイトル | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | |||||||||
要素 | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / PENTOSYLTRANSFERASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Kicska, G.A. / Fedorov, E.V. / Shi, W. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Transition state structure of purine nucleoside phosphorylase and principles of atomic motion in enzymatic catalysis. 著者: Fedorov, A. / Shi, W. / Kicska, G. / Fedorov, E. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Hanson, J.C. / Gainsford, G.J. / Larese, J.Z. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Calf spleen purine nucleoside phosphorylase complexed with substrates and substrate analogues. 著者: Mao, C. / Cook, W.J. / Zhou, M. / Federov, A.A. / Almo, S.C. / Ealick, S.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b8o.cif.gz | 75 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b8o.ent.gz | 53.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b8o_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b8o_full_validation.pdf.gz | 461.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b8o_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b8o_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pbnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31687.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COMPLEXED WITH TRANSITION-STATE ANALOGUE 1,4-DIDEOXY-1,4-IMINO-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: SPLEEN / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: PEG-400, TRIS, MGCL2, K3PO4, pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.04019 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04019 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 42526 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 40 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PBN 解像度: 1.5→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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